藤井 健次郎（ふじい けんじろう、1866年11月11日（慶応2年10月5日） - 1952年（昭和27年）1月11日）は、日本の植物学者、遺伝学者。1866年、、加賀藩士の家に生まれる。幼くして両親を亡くし、叔母に育てられる。1892（明治25）年、東京帝国大学理科大学生物学科卒業。卒業後、同大学助手、助教授として植物学教室で研究と学生の指導を継続。藤井は中等教育教科書の編纂に注力する一方で、長らく学位論文を提出せず、学位は論文提出ではなく、総長推薦によって授与された。1901年からドイツ、英国に留学、植物形態学、細胞学、化石学などを学び帰国。1911年、東京帝国大学教授。野村徳七から資金援助を受けて同大学理学部植物学科内に日本初の遺伝学講座を開設し、細胞遺伝学を研究した。1923年頃、私立の徳川生物学研究所評議員に就任。1927年、定年のため東京帝国大学を退官。退官後も死去まで植物学教室で研究を継続。日本学士院会員（第4部所属）。1929年、和田薫幸会の支援を受けて国際細胞学雑誌「キトロギア」を創刊。戦時中は山梨県に疎開。学振第74小委員会の開催とキトロギアの編集継続のため、疎開中も東京へ通った。1950年、遺伝学への貢献とキトロギア刊行の功績が認められ、文化勲章受章。

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