東京水上警察署（とうきょうすいじょうけいさつしょ）は、かつて警視庁が管轄していた警察署である。東京水上署は警視庁第1方面に属していた。2007年9月定例都議会で新たに「東京湾岸警察署」を設置し水上署を廃止する条例改正案が可決され、2008年3月30日をもって廃止された。港区港南5丁目8番の庁舎（レインボーブリッジのループ部の対岸、港清掃工場に隣接）は同署廃止後に東京湾岸署の別館とされ、舟艇課を改称した「水上安全課」が引き続き使用している。※以下のデータは、すべて廃止時点（2008年3月30日現在）のものである。大田区と江東区が帰属を主張し係争中のため区の所属が不明となっている廃止された交番を活用して、日中は民間人の「安全サポーター」が詰めて、地域の安全活動の拠点となっている。水上署廃止後は全て、東京湾岸警察署水上安全課に引き継がれた。

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