日本キリスト教協議会（にほんキリストきょうきょうぎかい、）は、日本のキリスト教エキュメニカル運動団体である。前身は、1923年に日本のプロテスタントキリスト教諸教派・団体の相互連携と海外教会との連絡を目的に設立された日本基督教連盟である。日本基督教連盟は、1941年（昭和16年）に、戦時下の宗教団体法に基づくプロテスタント諸教派の合同により、日本基督教団が設立されるとともに解散するが、1948年（昭和23年）には、日本基督教団からのプロテスタント諸教派の再分立などに伴い、日本基督教協議会として再び設立、その後、日本キリスト教協議会と改名し、現在に至る。略称は同じくNCCである。世界教会協議会（WCC）、アジア教会協議会（CCA）および各国の教会協議会（NCC、海外の教会協議会と並記する場合の日本キリスト教協議会の略称はNCCJ）と同様に、キリスト教メインラインの神学的潮流を背景としたエキュメニカル運動を担い、プロテスタント諸教派とともにカトリックも含めている（カトリックは正式加盟していないが、一部の活動には参加している）。キリスト教諸教派間相互の和解と対話、一致、宣教協力のための活動を行なっている。ただし日本ハリストス正教会は参加していない。なお、同団体では、現代のキリスト教における宣教の概念を、単にキリスト教の伝道・布教を意味するだけでなく、社会的にキリストの福音を実現していくものと主張し、社会運動、政治運動も含めた広範なものとして用いている。日本独自の事情として、キリスト教やキリスト者がマイノリティであることから、キリスト教諸教派・団体が、共に宣教の課題を担っていくことを目指しており、名称も教会・教派間のつながりを示す「教会協議会」ではなく、広くキリスト教界のつながりを示す「キリスト教協議会」を用いている。また、国内外における災害・紛争に対しては、WCCや各国のNCC、諸教会とともに ）という人道援助ネットワークを構成し、物心両面の援助や支援を求めている。また、韓国キリスト協会と連帯し、従軍慰安婦問題などで日本国政府の責任を追及している。2002年1月7日、愛子内親王誕生の報道を『狂騒ともいうべき、異常で過剰な天皇及び天皇家への祝意・賛美の宣伝で埋め尽くされた』と評し『こうした押しつけがましい態度は許されるのか。天皇・皇太子夫妻・皇族はそれほど特別で偉い存在なのか』として今後、国会・政府・マスコミが祝意の強制・押しつけを行わないように、と抗議した。2003年、在日韓国人人権宣教協議会や外キ協（外登法問題と取り組む全国キリスト教連絡協議会）と「日本は朝鮮半島分断の受益国であることを認め、植民支配の歴史責任問題を一日も早く解決し、北朝鮮と日本の交渉再開、在日韓国人と朝鮮人に対する差別政策、人権弾圧を中止すべきだ」と共同宣言を発表した。2004年6月に日の丸、君が代の強制に反対する声明を発表した。2010年8月に同協議会靖国神社問題委員会が平和遺族会全国連絡会・政教分離の侵害を監視する全国会議と共に石原慎太郎都知事の靖国神社参拝に対して、政教分離を理由に中止を求める共同声明を発表した。2010年8月13日に韓国キリスト教教会協議会と共同で「韓日強制併合100年　韓国・日本教会共同声明」を発表し、日韓併合条約の無効化と日本政府の賠償、朝鮮半島の平和統一に向けた努力等を訴えた。2011年8月11日、韓国ソウル「戦争と女性の人権博物館建設」募金を開始。日本のキリスト教界が第二次世界大戦中、自ら積極的に戦争協力を行なった反省に立ち、太平洋戦争（第二次世界大戦におけるアジア・太平洋戦線）を「日本国家による欧米の植民地であるアジア・太平洋地域への侵略戦争」と規定し、韓国の諸教会とともに日本の戦争責任を追及している。2010年には、韓国キリスト教教会協議会と共同で、日韓併合条約の無効化と日本政府の賠償、朝鮮半島分断克服と平和統一に向けた努力を両国政府に促す内容を盛り込んだ「韓日強制併合１００年　韓国・日本教会共同声明」を発表した。天皇制、有事法制、台湾・朝鮮半島などへの植民地政策、原子力発電、慰安婦問題、憲法・教育基本法改定、靖国神社参拝、死刑制度、に対しても、批判的な立場からの取り組みを行なっている。また、慰安婦問題についても、日本の戦争責任を強く追及しており、韓国やインドネシアなどから元慰安婦を招いて、日本政府に抗議集会を行っている。また、財団法人基督教視聴覚センターを設立し、そのビル内を女たちの戦争と平和資料館に提供している。韓国との関係が深いことから、排外主義・レイシズム団体などのヘイト・スピーチデモの対象となっている。日本基督教団、日本聖公会、日本バプテスト連盟、日本福音ルーテル教会、日本バプテスト同盟、在日大韓基督教会日本YMCA同盟、日本YWCA、日本キリスト教婦人矯風会、日本キリスト者医科連盟、日本基督教文化協会、キリスト教保育連盟、基督教視聴覚センター（AVACO）キリスト友会日本年会、日本友和会、アジア保健研修所（AHI）、ICU教会、東京ユニオンチャーチ、横浜ユニオンチャーチ、神戸ユニオンチャーチ、ドイツ語福音教会、日本クリスチャン・アカデミー、日本盲人キリスト教伝道協議会、スイス東アジアミッション、ジャーマン・ミッドナイト・ミッション、国際基督教団、キリスト者政治連盟、ウエスト東京ユニオン、富坂キリスト教センター、東京聖書集会、日本自由メソヂスト教団

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