バイオトイレは、便所の方式の一つ。英語ではComposting toiletというのが一般的である。日本では「バイオトイレ」のほかに「コンポストトイレ」「コンポスティングトイレ」とも呼ばれる。好気性微生物の活動によって排泄物を分解する。水をまったく使わない、または、使う場合であっても少量のみ。水が使えない場所や、下水設備がない場所に設置する。スウェーデン、カナダ、アメリカ合衆国、イギリス、オーストラリアにおける沿道施設や国定自然公園などで多く使われている。同じくスウェーデンやフィンランドなどにおける山村・農村の別荘で多く使われている。排泄物を木質材（おがくず、ヤシ皮繊維、ピートモスなど）と混ぜ合わることによって、（１）好気性微生物による分解、（２）水分吸収、（３）臭いの軽減，を行う。多くの場合、バイオトイレにおける微生物の有機物分解は、低速分解・低温分解によっておこなわれる。長期的な分解を行うため、二次的な便槽・貯蔵所に移しかえる方式もある。バイオトイレから取り出された堆肥は、農業や園芸に肥料として使用することができる。便槽の中にオガクズなどを詰め込んであり、排泄された糞尿を、オガクズなどとともに攪拌して好気性微生物を活発化させ、分解・堆肥化させる。大きくわけて電気ヒーターなどにより高温加熱する方式と加熱しない方式に分類できる。また、糞尿をすべて一緒に処理する方式と、固形分と尿分を分けて処理する方式に分類できる。糞尿に含まれる水分は、蒸発し放出させるか、または別にわけて処理する。残った有機物をオガクズの中に住み込んでいる好気性のバクテリアが分解する。最終的には、土化したオガクズ、または再利用可能な堆肥を生成する。処理機内のオガクズの量は、その処理能力によって様々であるが、日当処理数×0.01m³程度が必要である。処理能力相応の使用状態での、オガクズ寿命は6ヶ月程度であるが、処理能力を上回る使用下での寿命は著しく低下する。好気性微生物の活性化のため、便槽の撹拌が必要であり、手動ハンドルなどによって撹拌するものと、電気モーターで撹拌するものとに分類される。原理的にはコンポスターと同様であるため、生ごみ処理機としても利用できる場合もある。故障防止のため、骨などの固形物を細かく砕かなければならない場合がある。ほか、ペット用バイオトイレ、室内設置用の家具調バイオトイレ、家畜用バイオトイレなどもある。「水を使わないトイレ」として、NETIS（新技術情報提供システム）に登録された技術である（登録No.HK-040017）。水洗式でないために、どんな場所にでも設置できるという点である。（加熱式の場合は電源が必要。）また、汲取り作業を必要としないため、汲取り車両の立ち入れない場所への設置も可能。排泄物を垂れ流す事も無いため、。間接的ではあるが、汲取り費用が不要になり、恒常的なランニングコストの低減も期待できる。設置は比較的簡単であり、都市公園のトイレなどに設置されている例も見受けられる。個人宅のトイレにも設けられることがある。保温用、攪拌用の電力料金は使用頻度や機種によってかなり高額になることもある。電気の使用については、選択肢として下記が考えられる。　攪拌用のモーターを駆動させる場合は、一時的ではあるが（数分間）数100Wの電力が必要である。また、水分を蒸発させるために電気式ヒーターで加熱する場合は、恒常的に数100W規模の電力が必要になる。　この場合、太陽光や風力などの自家発電装置でまかなうことは現実的にはほとんどの場合不可能となる。　攪拌は手回しや足漕ぎ等の人力でおこない、加熱・保温用のヒーターは供給電力で作動させる場合。必要電力は数100Wとなる。モーターを駆動させる場合に比べれば必要電力は少ないが、太陽光や風力などの自家発電装置でまかなうことは難しい。　撹拌を手回し・足漕ぎ等の人力で賄い、加熱も行なわずに自然の状態で分解・堆肥化を図る方法。ただし、好気性微生物を育てるための空気循環、および強制排気のためのファンは必要と思われる。ファンの必要電力は一般的に数10Wであるので、小さなソーラーや風力などの簡易な発電設備があれば対応できる。バクテリアによる生分解に依存しているため、便座クリーナーや洗剤などの除菌作用のあるものの使用はNGである。攪拌スクリューやモーターの故障につながるため、硬い物・衣類などの投入は厳禁である。生理用品や紙オムツ、タバコの吸殻の投入も好ましくない。長期的に使用しない場合は、ヒーターによるオガクズの過熱防止のため、電源を切る必要がある。シャワー付便座は禁止事項ではないが、水分過多によるオガクズの処理能力低下が懸念されるため、あまり推奨できない。定期的にオガクズを交換する必要がある。使用頻度や処理容量にもよるが、概ね3～6ヶ月程度に1回の交換が目安である。オガクズの交換そのものには、専門知識は不要である。モーターやスクリューなどは、通常使用下はメンテナンスなしでOKだが、変形や焼付などの場合は交換が必要となるため、専門の技術者を要する。バイオトイレ＝バイオの力でし尿を発酵分解して処理するトイレとなれば、方式は様々考えられる。バクテリアの種類、菌床の種類も一つではない。限られた処理槽の中では、発酵分解出来る量は微量である。そのため、連続して能力以上に使用すると、分解しきれない汚泥が溜まり悪臭が発生して、菌床の交換をせざるをえない状態になる。年に何回かと言っても、それは人力で行うしかなく、大変な負担であり、べたべたした状態でのコンポスト使用は、環境衛生上問題になる。また、災害時・イベント等で1日の使用限度を超えた使用を続けると、溜の状態になり汲み取りが必要となる。これではバイオトイレとは言えない。有力な解決方法としては、油成分まで分解できる好気性バクテリアを菌床に初期投入して、完全にし尿・トイレットペーパーの発酵分解ができれば、悪臭が発生せず菌床の交換も必要なくなる。さらに、発酵分解を促進する環境を整えることにより、性能がアップされる。バクテリアの発酵分解には、水分・酸素・温度のバランスが重要になってくる。温度は自動調節、酸素は処理槽中心のスクリューを回転させることで全体に含ませる。トイレットペーパー使用後に、スイッチを押しての回転とタイマー設定で一定時間に1回は回転させる。最もネックになるのは、水分の調節である。好気性バクテリアは、水分の多い状態では分解力が低下するため、一定量を超えた水分は処理槽に流れないよう、分離する必要がある。水分量が減少したところで処理槽に戻して蒸発させれば、設備内で完全にし尿処理することができる。菌床をコンポストとして使用するにも安全である。もちろん、菌床を交換する必要はなく、定期的な点検のみで使用できる。ただし、尿の使用量が著しく多い場合は処理槽での蒸発が間に合わず、尿タンクに貯まる量が増加する。。し尿を分離するには、専用のセパレート便器が必要である。

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