長崎家庭裁判所の支部は長崎地方裁判所支部に併設されている。また、本庁・支部・出張所のいずれにも簡易裁判所が併設されている。※ただし、大村・島原・五島・厳原の各支部の合議事件、大村・島原の各支部の少年事件は本庁で、壱岐支部管内の合議事件は佐世保支部でそれぞれ取り扱う。※諫早、新上五島、上県の各出張所は、家事審判法で定める家庭に関する事件の審判及び調停のみ扱い、その他の事務は当該支部が扱う。

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