指定代理金融機関（していだいりきんゆうきかん）とは、地方公共団体の長が指定金融機関の取り扱う収納及び支出の事務の一部を取り扱わせるために指定した金融機関である（地方自治法施行令第168条第1項第3項、第7項）。なお指定するときは、指定金融機関の意見を聴かなければならない（地方自治法施行令第168条第1項第8項）指定金融機関が1つだけで議会の議決が必要であるのに対し、指定代理金融機関は複数設けることができ、議会の議決は必要としない。指定代理金融機関の公金の取り扱いについては、地方自治法施行令第168条の3第1項から第3項に規定されている。会計管理者は、指定代理金融機関について、定期及び臨時に公金の収納又は支払の事務及び公金の預金の状況を検査しなければならないとされ、その結果に基づき、指定代理金融機関に対して必要な措置を講ずべきことを求めることができる。（地方自治法施行令第168条の4第1項、第2項）

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