飛騨郡代（ひだぐんだい）とは、江戸時代に4ヶ所設置された郡代の一つ。飛騨国全域の幕府直轄領の民治を司る行政官であり代官である。1588年（天正16年）より飛騨国一円は飛騨高山藩金森氏によって治められてきたが、1692年（元禄5年）幕府は当時の藩主金森頼時を出羽国へ移封し、飛騨国を天領とした。これは幕府が飛騨の豊富な木材資源と鉱物資源（銀・鉛など）に着目し、幕府財政の安定を図る目的があったと考えられている。以後、高山城を廃城とし、高山城の下屋敷を高山陣屋として行政を行なった。1777年（安永6年）、郡代に昇格。以降明治維新までに14代の郡代が派遣されている。（郡代昇格前の代官は11代派遣されており、それを合わせると25代）高山陣屋は、江戸時代の建物が唯一現存する天領陣屋である。

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