アリノトウグサ科 (Haloragaceae) は双子葉植物の科のひとつで8-9属150-200種がある。アリノトウグサ属 ("Haloragis") やフサモ属 ("Myriophyllum") が日本に分布する。世界中に広く分布するコスモポリタンであるが、多様性の中心はオーストラリアなど南半球である。キュー植物園によるリストでは9属を含む。グンネラ属を含める分類体系も存在したが、現在では別系統とされる。APG植物分類体系では、遺伝子の解析の結果ユキノシタ目とされた。グンネラ属は別目とされる。子房下位と退化した花を共通の形質として、クロンキスト体系ではアリノトウグサ目を立て、グンネラ属を独立させたグンネラ科とアリノトウグサ科の2科を属させる。新エングラー体系ではアリノトウグサ科にグンネラ属を含める。フトモモ目に入れる。

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