第3回日本フットボールリーグは、2001年4月1日から同11月18日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。優勝は本田技研（初代JFLを含むと5年ぶり2回目の優勝）であった。第3回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうち佐川急便SC、YKK FCが前シーズンの全国地域リーグ決勝大会からの昇格クラブである。また、全国社会人サッカー連盟推薦でNTT西日本熊本、SC鳥取、愛媛FCが新たに参加となった。前期終了時の上位2チームに第81回天皇杯の出場権が与えられる各試合において勝利チームに強化費を支払う。引き分けの場合はなし。ホームチームが勝利した場合は15万円、アウェーチームが勝利した場合は10万円が支払われる。備考上位2位のチームがJリーグへの参加を希望していなかったため、この年のJリーグ加盟チームは無し。全国地域リーグ決勝大会の結果、1位の佐川急便大阪SCと2位のプロフェソール宮崎が自動昇格となった。

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