海事科学研究科（かいじかがくけんきゅうか、Graduate School of Maritime Sciences）は、神戸大学の中の大学院一研究科である。これは、理学、工学、農学、海事科学で構成されていた大学院自然科学研究科の改組によって誕生し、教員組織の大学院への重点化、教育の実質化に伴い、海事科学に関する研究を深く研究する体制ができた。それと同時に、教員は大学院に所属することによって、研究中心の体制となった。研究テーマは、海水の組成、海流発電、ロジスティクス、マネジメント、品質管理、海洋ロボット、海洋エネルギー、海洋微生物、海運経済学、情報工学、心理学、材料科学等、大変広い。

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