『攻殻機動隊2 MANMACHINE INTERFACE CONTROL PREFERENCES』（こうかくきどうたい2 マンマシーン インターフェース コントロール プリファレンシズ）は士郎正宗による漫画で『攻殻機動隊 THE GHOST IN THE SHELL』の続編という位置づけである。前作と比較するとガンアクションが減少し、過半が電脳戦闘で占められている。『週刊ヤングマガジン』掲載分に大幅に加筆修正と書き下ろしが加えられ、2000年にポスター、クリアファイル、フチコマ可動フィギュア等を同梱した豪華版「SOLID BOX」が、翌年に通常版が発売された。豪華版では過激な性描写のあった一部ページが通常版では削除されている。『攻殻機動隊 THE GHOST IN THE SHELL』から4年5ヵ月後の2035年3月6日。草薙素子の11番目の同位体でポセイドン・インダストリアル社考査部長である荒巻素子が、同社の豚クローン臓器培養施設襲撃事件を調査していく内に、他の草薙素子同位体達と遭遇していく。

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