人工酵素（じんこうこうそ）とは、生化学、有機化学、超分子化学で取り扱われるトピックのひとつ。例えば、酵素の機能（分子認識、選択性、触媒作用など）を持つ人工化合物や、天然にある酵素や生体分子に人工的な改変を加えて新しい性能（新たな反応性や選択性、固相表面や人工膜中への導入）を持たせたものを「人工酵素」と表す。

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