『メトロイドプライム ハンターズ』（"METROID PRIME HUNTERS"）は、Nintendo Software Technology Corporation開発、任天堂発売のニンテンドーDS専用ゲームソフト。プライムシリーズ第3弾。前2作と違って敵をロックオンする機能がない純粋なFPSとして発売されており、キー操作で移動しつつタッチペンで視点移動して撃つことができる。また、Wi-Fiを用いてネット対戦もできる。シリーズで唯一、タイトルに冠されているメトロイドが全く登場しない他、プライムシリーズの重要キーワードであるフェイゾンも全く関わらない等、シリーズの中でも特に外伝的な位置付けが強いストーリーになっている。宇宙のはるか遠く、銀河連邦の勢力圏よりもはるか遠くに、「アレンビッククラスター」として知られる星域があった。かつて平和的かつ強大なアレンビック族の文明が、この地を支配していたが、恐らく数千年前、あるいは数万年前、最高の兵器に護られた「オクトリス」を残して、彼らは忽然と姿を消した。それから幾世紀もの時を経た現在、奇妙な事件が起こる。アレンビッククラスターから発信されたテレパシーメッセージが、銀河中でも特に上位に位置する者たちの頭脳に届いたのだ。メッセージは数千の言語、数千の言葉に翻訳されたが、その意味する所はすべて同じであった。「究極の力、その秘密はアレンビッククラスターに眠る」。このメッセージは名高い6人のバウンティハンターを魅了し、彼らはそれぞれの理由を胸に、アレンビッククラスターへと向かった。自身のため、あるいは星や種族のために力を求める者、あるいは己こそが銀河最高のハンターであることを証明するために、闘争と破壊を求める者。ハンター達は競い合って、「究極の力」の正体を解き明かそうとする。一方、この奇妙な事件を知った銀河連邦も、メッセージの真相を解明するため、サムス・アランをアレンビッククラスターに派遣する･･･以下のキャラクター達は、アドベンチャーモードでボスとして登場したものを倒すとマルチプレイモードで使用できるようになる。なお、「ハンター」と呼称されているが厳密にハンター稼業を行っていることが判明しているのはカンデンとサイラックスのみである。各キャラクターごとに固有のトランスフォーム形態、および性能が強化されるサブウェポンを持つ。サブウェポンの追加能力の詳細に関しては後述の「#サブウェポン」を参照。未開の宇宙であるテトラ銀河系に存在する、『究極の力』が眠ると言われる星雲。数多くのバウンティハンターが究極の力を求め、この星雲に集まった。2つの惑星と2つの宇宙ステーションが存在する。基本ウェポンとなるパワービーム･ミサイルと、7つのサブウェポンの合計9つが存在し、上記で触れた得意武器に関しても、更に詳しく解説する。オメガキャノンを除けば全て弾数制限があり、サブウェポン用の弾である「アモ」を使用する。使用するハンターごとに「得意ウェポン」があり、通常よりもウェポンの効果が強化される。また、砲身の光の色も各ウェポンのイメージカラーに変化する。また、それぞれのアイテムを入手しないと使用する事が出来ない。アモの消費に関しては、アドベンチャーモードでは一律で通常弾が1発、チャージ弾が3発のアモを使用し、最終的に400発まで所持することができるようになる。バトルモードでは各武器ごとに消費アモの概念があり、残弾表示はこれを計算したものである。その為、サブウェポンを切り替え、使用していたサブウェポンに戻すと残弾数が変わる事がある。消費アモの比は、であり、高い比の装備は弾数も少なく見える。この比の数値を利用すると、最大所持数は599。また、アドベンチャーモードの場合、サブウエポンの属性がとなっており、ボスのような特殊な対象への攻撃など一部の謎解きでこの要素を用いる。本作では他のバウンティハンターを除くと合計10体(ラストボス含め)のボスキャラクターが各惑星の宝物守護室に2種類ずつ存在しており、オクトリスを守護している。

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