ニセコ薬師温泉（ニセコやくしおんせん）は、北海道磯谷郡蘭越町、ニセコ温泉郷にある温泉。浴槽そのものが源泉で、浴槽の下からお湯がそのまま湧く。日本三大秘湯のひとつとされる。3つの源泉・浴槽がある。いずれも浴槽の直下から温泉がわき出す、源泉掛け流し方式。一軒宿のニセコ薬師温泉旅館がある（建物の一部が雪の重みで倒壊したため、2014年5月に閉館。再開は未定）。周辺は支笏洞爺国立公園である。

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