日本の鉄道事故（にほんのてつどうじこ）では、2000年以降に発生した日本の主な鉄道事故について記述する。運輸安全委員会（2001年10月1日以降、2008年9月30日以前は航空・鉄道事故調査委員会）の調査案件には★を付す。なお、衝突はなかったものの、近似する逸走事故は2006年および2009年に三重県でも発生している。香川県さぬき市のJR高徳線オレンジタウン駅構内で、徳島発高松行き普通列車（1両）が客扱い後、誤って出発信号機が赤信号のまま発車、安全側線に進入し脱線した。乗客、乗員計46人にけがはなかった。この事故で高徳線志度駅と三本松駅間は約6時間にわたり不通になった。上下あわせて特急列車13本、普通列車18本が運転を見合わる事態となり、約1,600人に影響が出た。運輸安全委員会は12月31日、鉄道事故調査官2人を派遣し、詳しい事故原因を調べる。JR北海道室蘭本線豊浦駅付近の踏切（北海道虻田郡豊浦町）で函館発札幌行き特急「北斗5号」が軽乗用車と衝突し、軽乗用車の運転手が死亡した。事故の影響で室蘭本線は長万部駅 - 洞爺駅間の下り線で運転を見合わせ、少なくとも普通列車4本が運休または区間運休となった。東京地下鉄（東京メトロ）半蔵門線九段下駅で、中央林間発押上行電車（東京メトロ8000系電車10両編成）が、6両目の車両のドアにベビーカーを挟んだまま発車。電車はそのまま走行し、ベビーカーはホーム端の柵に衝突、大破した。ベビーカーに子供は乗っておらず、負傷者はいなかった。当時ホームや電車内の乗客が異常に気付き非常停止ボタンや車内通報器を押したものの、列車は停止せず、そのまま隣駅の神保町まで走行を続けた。これに対し車掌は、車内通報器に応答したが反応がなかった為、400m先の神保町駅で対応しようと思ったと報告している。また、車掌は、非常ベルが押されたことは知っていたものの、電車を停車させることは躊躇していた模様である。JR九州、九州新幹線の熊本駅の下り方2km近く先で熊本総合車両所に向かっていた回送列車（800系U005編成）が、この日発生した平成28年（2016年）熊本地震の前震により6両全車両が脱線した。この影響等で博多－鹿児島中央間で運行不能が続いていたが、4月20日から新水俣-鹿児島中央間で、4月23日には博多－熊本間も、4月27日には全線で運転を再開した。JR九州豊肥本線赤水駅構内を出たばかりの宮地方面行きの線路点検を行っていた回送列車(キハ47系2両)が平成28年（2016年）熊本地震の本震が発生し先頭車が踏切上で脱線した。いずれの事故も乗客はなし、運転士にも怪我はないという。また豊肥本線は一連の熊本地震により赤水 - 立野間で大規模土砂災害が発生した影響で、現在も肥後大津 - 阿蘇間で運行休止状態となっている。長良川鉄道越美南線母野 - 洲原間の洲原トンネルで、北濃発美濃太田行列車が走行中に脱線し、運転士が負傷。同線は事故の影響で、翌16日まで運行を見合わせた。その後17日より美濃太田 - 関間で運行を再開、18日には運行再開が美濃市まで拡大され、25日には全線で運行が再開された。トンネル内の漏水によるレールの腐食や、横圧による罅などによってレールが破断したことが原因と見られている。天竜浜名湖鉄道の天竜浜名湖線桜木駅付近の踏切（静岡県掛川市）で、新所原発掛川行きの普通列車（1両編成）が、当該踏切の80メートル西方にあるヤマハテクニカルセンターを出発した大型観光バスと衝突した。これによりバスの乗客3名が重傷、バスと列車双方の乗客19名が軽傷を負った。当該踏切は大型車が1台通れる程の幅しかなく、また20メートル先には県道40号とのT字路があり、バスが踏切を横断中に県道側から乗用車が進入し行く手をふさがれる形で数分間立ち往生した。事故後、乗用車は現場から立ち去ったという。東武鉄道東上線中板橋駅付近の踏切で、成増発池袋行きの普通列車（10000系（11003F・10両編成））の中間車が脱線した。死者・負傷者はいなかったが、事故直後の調査で脱線した車両の後方の台車枠に約15cm幅12mmの亀裂が見つかった。事故の影響で池袋 - 和光市間（後に区間が短縮され、池袋 - 上板橋間）が事故直後より終日運転見合わせになり、運行区間も間引き運転、直通運転先の種別・行き先変更となるなど大混乱をきたした。JR東日本東北本線水沢駅を発車しようとした貨物列車（機関車1両、コンテナ車17両）のうち、コンテナ車1両が脱線した。この事故の影響で、同線は同日午後まで運転を見合わせ、東北新幹線による振り替え輸送を実施した。JR西日本山陽本線瀬野駅 - 八本松駅の間の瀬野八区間で上り普通列車（広島発西条行、115系4両編成/ヒロL-13編成）が線路上に流れ込んでいた土砂に乗り上げて先頭車両が脱線した。けが人はおらず、乗客はJR西日本が用意したバスで移動した。えちぜん鉄道勝山永平寺線光明寺駅 - 轟駅間の「轟踏切」で、軽乗用車が踏切を横断しようとしたところ、同踏切を通過中の福井発勝山行電車と衝突した。遮断機が電車の通過直前に上がったためとされており、遮断機の誤作動が原因とみられている。東京メトロ銀座線青山一丁目駅で、盲導犬を連れてホームを歩いていた視覚障害者の男性が、足を踏み外してホームから線路に転落し、入線してきた電車に轢かれ死亡した。盲導犬はホーム上に残っており無事だった。この事故においては、点字ブロック上に柱があり、その分ホーム幅が狭まっていて、これが元で盲導犬が白線の外側を線路寄りに歩いていたことが原因となった可能性が指摘されている。島原鉄道線の長崎県島原市内の踏切で、踏切を通過しようとした諫早発島原外港行普通列車に、踏切内に進入してきた乗用車が衝突。この事故で乗用車は線路沿いの建物に突っ込んだが、列車の乗客・乗用車の運転者・建物内にいた人いずれも無事だった。事故のあった踏切は会社敷地（私有地）内にあり、警報機は設置されていたものの、遮断機は無かった。周辺の公道上の踏切では、警報機・遮断器いずれも設置されている模様である。台風9号接近により、西武多摩湖線西武遊園地駅 - 武蔵大和駅を走行中の国分寺行きの電車（新101系4両編成）が武蔵大和駅近くで緊急停車したところ、軌道に流れ込んだ土砂が車両を押し上げて脱線した。この土砂崩れによって線路脇の架線柱も倒れた。事故列車には乗員、乗客合わせて6人が乗っていたがけが人はおらず、近くの駅まで歩いて移動した。8月28日までに車両と線路の間に流れ込んでいた土砂の搬出作業が終わったことから、午後3時ごろ車両を保線用モーターカーを使って搬出した。当初運転再開には3週間ほどかかる見込みであるとされたが、その後復旧作業が進展し9月6日初電から運転を再開した。北神急行電鉄北神線・神戸市営地下鉄山手線新神戸駅から北に約100mに位置する北神トンネル内で、線路上を歩いていた88歳の女性が、走行してきた電車にはねられ死亡した。この女性には認知症などの症状が確認されている。山形県酒田市内の羽越本線酒田駅 - 東酒田駅間の踏切で、酒田発新潟行特急「いなほ」が、踏切内で立往生していた軽乗用車と衝突。事故で車は踏切外へ飛び出し、弾みで運転者の女性を直撃し、女性は全身を強く打ち死亡した。列車の乗務員や乗客には負傷者はいなかった。えちぜん鉄道三国芦原線田原町駅 - 福大前西福井駅間の踏切で、踏切内に立往生していた乗用車に、越前武生発鷲塚針原行電車が衝突。車は中破したが、運転者は車外に避難しており難を免れ、電車の乗務員・乗客も無事だった。車の運転者は、歩行者にブロックされているうちに遮断機が下りたと話している。岐阜県大垣市内の西濃鉄道市橋線美濃赤坂駅 - 乙女坂駅間で、石灰石輸送の貨物列車（25両編成）のうち、11 － 13両目の車両が脱線。機関士をはじめ乗務員3人に負傷者はおらず、周辺への被害も無かった。原因は置き石とされる説が多く、現場からコンクリート片が見つかっている。。

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