本記事は、古細菌の全分類群の一覧である。古細菌は、他生物とは進化系統や細胞膜が大きく異なることから、3ドメイン説において生物の最上位のタクソンに位置付けられる。分離の困難さや進化速度の遅さなどの要因により、真正細菌（約10000）や真核生物（数100万）と比較して種の数は限られるものの、これまで高熱や強酸、高塩、嫌気的環境などの極限環境を中心に、約100属320種の古細菌が発見されてきた。古細菌の学名は国際細菌命名規約に従い命名される。従って、厳密には細菌学名承認リストまたはIJSEMに記載された学名のみが有効である。分類は形状や生化学的性質よりも、DNAやRNAによる系統解析が重要視される傾向がある。なお、一部の未記載種についても引用符をつけて掲載する。メタン菌。水素やギ酸を利用。動物の消化器官から水田、沼地、熱水噴出孔まで幅広く分布。細胞壁はシュードムレイン（グルム陽性）。メタン菌。水素やアミン類を利用。海洋や熱水鉱床、醗酵物など。細胞壁はS層（たんぱく質）。メタン菌。水田や動物の消化器官などに生息。比較的低温に適応。酢酸を利用できる種が多い。いわゆる高度好塩菌。塩湖・塩田などに分布。好気・光/化学合成従属栄養。好気性の好酸菌。細胞壁が無く、細胞融合性を持つことが特徴。硫黄孔、陸上の温泉などに分布。超好熱菌。何れも硫黄依存又は発酵性の嫌気従属栄養菌。海洋熱水噴出孔などに分布。超好熱菌。硫酸還元菌。微弱なメタン生成能有り。油田鉱床などに分布。超好熱性のメタン菌。水素を利用。海底熱水噴出孔。生育限界は120℃を超える。エオサイト界とも呼ばれる。殆どが超好熱菌または好熱好酸菌（スルフォロブス目）で、陸上温泉や海洋熱水系から分離される。原核生物の細胞分裂に関与するFtsZ分裂リング関連遺伝子の多くを持たず、一部を除き真核生物型のヒストンを持たない。なお伸長因子1αや大量データによる系統解析、rRNAのオペロン構造などから、真核生物がこの系統から派生した可能性が議論されている。後述のタウムアーキオータを含む可能性もある。"Cenarchaeum symbiosum"などのゲノム情報に基づいて2008年に提唱された門。クレンアーキオータに含まれていた海洋性の古細菌（marine group 1 Crenarchaeaota）及び亜硝酸古細菌 (AOA:Ammonia-Oxidizing Archaea)がタウムアーキオータに分類された。系統的にはクレンアーキオータの深い部分から分岐したと見られ、低温への適応など他のクレンアーキオータとは異なった性質を持つ。培養が困難で純粋培養は"Nitrosopumilus maritimus"のみであり、2009年時点では記載種を含んでいない。超好熱菌。イエローストーン国立公園の熱水底泥から検出された16S rRNA配列から前述の2界に属さない古細菌の存在が推測され提唱されたもの。純粋培養はされていないが、2008年にゲノム自体は解読されている。クレンアーキオータにやや近縁ともされる。メタゲノム解析により地下320mの金鉱から発見された好熱菌。ユビキチン-プロテアソームシステムに必要な遺伝子を持つ超好熱菌。"Ignicoccus"の表面に共生しており、こちらも純粋培養はされていない。ユリアーキオータに含まれる可能性がある。2003年にゲノム解析自体は終了。ゲノムサイズは全古細菌中最小である（49万885塩基対）。

出典:wikipedia