長崎水族館（ながさきすいぞくかん）は、かつて長崎県長崎市宿町にあった水族館である。1959年（昭和34年）、長崎国際文化センター建設事業の一環としてオープン。敷地面積99,000m。長崎観光開発株式会社により運営されていた。国道34号（長崎市と島原半島を結ぶ国道251号）沿線上にあり観光ルートの一部として機能した。28年間に及び本館で飼育されたコウテイペンギンの「ふじ」を始め7種115羽のペンギンが暮らすペンギン王国と呼ばれ、ペンギンの園内散歩も有名だった。ペンギンの他、魚類水槽や魚の加工方法・生態などを解説する水族科学館が構内に設けられた。水族館の隣接地にはプールや遊園施設も設けられ、長崎市民始め多くの観光客が訪れた。しかし、施設の老朽化、陳腐化、入場者減少のため経営が行き詰まり、1998年（平成10年）3月31日で営業を終え、2001年（平成13年）4月22日に長崎ペンギン水族館としてリニュアルオープンした。旧本館は武基雄が設計したもので、水族館営業終了後は改装されて、長崎総合科学大学シーサイドキャンパスの校舎となっている。

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