科学技術庁長官（かがくぎじゅつちょうちょうかん）は、2001年1月5日まで日本の中央省庁として存在した科学技術庁の長である。国務大臣をもって充てられた。国務大臣ではあるが、あまり利権ポストに絡むことも少ないため、伴食大臣とみなされることが多かった。また原子力などエネルギー問題に絡み、注目されることがあった。

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