吉崎御坊（よしざきごぼう）は、越前吉崎（現在の福井県あわら市吉崎）にあった坊舎。現在は「史跡 吉崎御坊跡」の石碑が立つ。御坊跡に向う階段の西側に浄土真宗本願寺派の別院が、東側に真宗大谷派の別院が置かれる。ともに「吉崎別院」と称するため、本願寺派の別院を「西御坊」・「（吉崎）西別院」、大谷派の別院を「東御坊」・「（吉崎）東別院」と通称される。また、「吉崎寺」（浄土真宗本願寺派）・「願慶寺」（真宗大谷派）などの寺院、本願寺維持財団が運営する「吉崎御坊 蓮如上人記念館」がある。吉崎御坊を中心とする門前町は県境を跨いで石川県側にも拡がっており、加賀市吉崎町となっている。文明3年（1471年）7月下旬、比叡山延暦寺などの迫害を受けて京から逃れた本願寺第8世法主蓮如が、本願寺系浄土真宗の北陸における布教拠点として越前吉崎にある北潟湖畔の吉崎山の頂に建立した。吉崎は興福寺大乗院の門跡であった経覚の所領であったが、経覚の母が本願寺の出身で、蓮如も若い頃に経覚の元で修行していた事、また偶々吉崎の代官の地位にあったのが当時の本願寺にとっては数少ない末寺であった和田本覚寺の住持蓮光であったという関係もあって経覚が蓮如のために吉崎を譲ったのだといわれている。この地で蓮如は教義を民衆にわかりやすく説き、時には御文（「御文章（ごぶんしょう）」）を用いたり、「南無阿弥陀仏」の六字名号を下付したため、御坊には北陸はもとより奥羽からも多くの門徒が集った。また、御坊周辺の吉崎一帯は坊舎や門徒の宿坊などが立ち並び寺内町を形成した。延享3年（1746年）に西別院（本願寺派）が山下道場のあった場所に建立され、翌年の延享4年（1747年）には東別院（大谷派）が吉崎山のふもとに建立される。吉崎山（御山）とは、北･西･南の三方を北潟湖に囲まれた天然の要害で、海抜33m程、面積約2万平方メートルの小高い丘である。この山の頂に吉崎御坊があった。1975年には国の史跡に指定され、公園として整備されている。現在は東西両派共有の地である。

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