もやしもんの登場人物では、石川雅之による日本の漫画作品『もやしもん』および同作原作のアニメに登場する人物などについて説明する。本作に登場する細菌・古細菌・菌類・ウイルス達。可愛くデフォルメしたデザイン（沢木の主観に準じている）で登場する。名前表記は作中ではアルファベット一字+ピリオド+カタカナであるが、これは生物の学名が属名+種小名という構成になっており、この属名を略するときにその属名の頭文字にピリオドをつけて示すやり方を継承している。しかし、同じ頭文字でも全く異なる生物である例がある。たとえばA.は細菌の酢酸菌と皮膚常在菌、真菌のコウジカビと白癬菌と蜂の巣カビ、アルテルナリアがまじっている。作中ではウイルスも菌と同じように扱われているが、ウイルスは非生物とする場合もあり菌ではなく、菌類、細菌、古細菌もそれぞれ界またはドメインレベルで区別される生物群である。菌達は「かもすぞー」が口癖で、特に危険な菌は「かもしてころす」と言う。大勢でいる場合は騒いでいる事や合体して巨大化することも多い。作者には彼らのオリジナルストラップ製作の夢があったが、単行本第4巻の限定版付録として実現した。菌達はなぜか自分達が人間社会に与える影響など知識豊富で、作中で人間に代わり解説をすることもある。特にキノコ類はコロニー(茸)を建造物と呼び、自分達を企業と自負するなどゼネコン発言が多い。他作家の作品にも多数登場している。アニメ版においては、特記したもの以外のほとんどの声を斎賀みつきが担当しているが、実際には出演したキャスト全員も担当している。ドラマ版では、A.オリゼー役をアニメと同じく冬馬由美が担当し、他の菌については役名を一纏めに「VOICES OF 菌」とされ、川野剛稔と古森奈保子が主に担当したが、中村優一、はねゆり、たむらぱんが担当することもあった。

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