明治37年、上野桜木町に前身である上野女学校創立。1945年10月8日に学校の民主化を要求して戦後初のストライキが行われている。このストライキは新聞に大きく報道され、全国の学生の学園民主化闘争の契機となった。敷地内にあるパイプオルガンを備えたコンサートホール（石橋メモリアルホール）では、各種演奏会・講演会の他、能・狂言の公演なども開催。過去にテレビドラマ『101回目のプロポーズ』の撮影などで使用されたことがある。また主に古楽器などの演奏会を行う小ホール、エオリアンホールを有する。2007年より男女共学化。2016年8月、上野学園大学を運営する学校法人上野学園の経営陣が「背任」の疑いで、東京地方検察庁に刑事告発された。それに伴い東京都は学校運営を調査し、上期補助金の支出を保留にした。

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