日本シーボルト協会（にほんシーボルトきょうかい）は、江戸時代後期に来日したフィリップ・フランツ・フォン・シーボルト、その子アレキサンデル・フォン・シーボルト、ハインリヒ・フォン・シーボルト、楠本いねを中心にシーボルト関係研究の継承、発展を目的に設立された任意団体。2008年、ハインリヒの没後100年を機に準備委員会が設立され、2009年に正式発足をする。2015年3月に公式サイトを公開。本部は東海大学沓澤研究室、事務局は東京都新宿区のシーボルトサロン内に置く。2008年にはハインリヒの没後100年記念企画をドイツ・オーストリア両大使館、外務省、青梅市、大田区、北区などの後援によって開催し、翌年の正式発足を宣言した。ドイツ、ヴュルツブルクにはシーボルトの次女ヘレーネの末裔ブランデンシュタイン・コンスタンティン・ツェッペリン（次女子孫がツェッペリン伯爵家と婚姻）が会長を務めるドイツ・シーボルト協会が存在する。同会理事、宮坂正英（長崎純心大学教授）は日本シーボルト協会設立準備委員会の幹事も務める。

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