先の第1次森内閣は、名こそ森内閣ではあるが、前任の小渕恵三内閣総理大臣の病気・辞職により急遽発足した事実上の選挙管理内閣であり、森が総理として独自の人事権を行使したという意味では、この第2次内閣が事実上の初代森内閣と言える。この布陣は、内閣改造が行われる同年12月5日まで存続した。前回の小渕内閣改造・党役員人事で小渕に拒否された加藤派の小里貞利が総務会長に、山崎派の保岡興治を入閣させ、加藤派・山崎派に一定の配慮を示した。民間からの川口順子の起用が話題となった他、平沼赳夫、津島雄二ら実力者の入閣もあるが、全体としては省庁再編までの暫定的な布陣という色合いが強く、入閣待望組を多く揃えた「滞貨一掃」内閣などと呼ばれた。組閣同日に発足。
※1999年（平成11年）9月20日、将来の副大臣制度を見据えた政務次官の権限強化に関する法改正があり、同日以降は「○○総括政務次官」（1省庁に複数置かれる場合は筆頭者のみ）と呼称することとなった。この改正では権限部分のみで官職名までは改められず、閣議での申し合わせという形での「総括」呼称導入であったため、法的根拠を要する任命辞令には「総括」を含まない正式官職名が使用される。

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