上菅谷駅（かみすがやえき）は、茨城県那珂市菅谷にある、東日本旅客鉄道（JR東日本）水郡線の駅である。那珂市の代表駅で、本線と常陸太田支線（常陸太田駅方面）が当駅で分岐する。単式ホーム1面1線（3番線）と島式ホーム1面2線（2・1番線）、計2面3線のホームを持つ地上駅。ホームと駅舎間は中菅谷側にある構内踏切で結ばれている。構内には側線が並ぶ。直営駅であり、管理駅として、本線の常陸青柳駅 - 常陸鴻巣駅間の各駅および常陸太田支線の各駅を管理している。みどりの窓口（営業時間 6時 - 20時）と簡易Suica改札機が設置されている。常陸太田発着の列車は本線の上下列車との接続が概ね取れている（もしくは水戸方面と直通する）。ただし、常陸太田発の最終列車からは接続する上り列車がない（水戸行きの最終は21時台であるが、常陸太田発最終列車は22時台に運転される）。水戸方面は日中おおむね1時間程度に1本（13時に2本）、郡山方面は8時は運行なし、14時に2本その他日中は1本、常陸太田行きは1 - 2時間に1本ほどである。時刻表は方面別と発車ホーム別の2種類があり、いずれも3パターンずつある。2009年に供用開始された上菅谷停車場線のロータリーに接しているが、空き地が多い。2011年10月より、上菅谷駅前の活性化のために2ヶ月に一度の歩行者天国イベントが開催されており、。

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