遺伝子汚染（いでんしおせん、Genetic pollution）とは、生物、とりわけ野生の個体群の遺伝子プール（遺伝子構成）が、人間活動の影響によって近縁個体群と交雑（浸透性交雑）し、変化する現象を一種の環境破壊との含意を込め、批判的視点から呼ぶ呼称。基礎科学が取り扱う現象としてより中立性を目指した遺伝子移入 (") という呼び方も提唱されている。在来個体群との交雑が危惧される近縁個体群は、他の地域に存在する個体群（栽培品種・飼育品種の漏出を含む）が移入される場合と、遺伝子組み換え作物である場合とがあり、以下はその両者を分けて解説する。同じ生物種であっても、生息地域が異なるため遺伝子の交流を欠く、あるいは完全に隔離されていなくても一定の障壁が存在するなどの理由で、通常は地理的に異なる個体群（生態型・亜種など）相互の間では遺伝子の構成（遺伝子プール）が微妙に異なっている。これをヒトに置き換えると、黒人や白人等の人種、さらに細分化すれば白人であってもアングロ・サクソン人やゲルマン人等の民族など、異なった人種や民族に例えられる。また、野生動植物の個体群と、そこから人為的選抜や育種、さらには近年の遺伝子組換技術によって作出された多くの作物・家畜とでは、遺伝子構成が大きく異なっている。このような場合、ある在来個体群の生息域に、別の個体群が人為的に持ち込まれることにより、両者が交雑して純粋な在来個体群の持つ遺伝子プールに変化が生じる。この在来個体群の遺伝子プールの状態の不可逆的消失および、その途中の過程を遺伝子汚染と呼ぶ。遺伝子汚染は、時空間的に不均質なモザイク構造をなすメタ個体群レベルの遺伝的多様性（生物多様性）を不可逆的に破壊するため、近年では環境問題の一種として認識されることが多い。なお、このような遺伝子汚染は英語では"（遺伝子移入）と中立的に記述される。元々東京に生息していたアズマヒキガエルと国内外来生物のニホンヒキガエルとの交雑。東京では、既に８割もの個体が雑種である。他にも等がある。遺伝子組み換え作物は、「生物の多様性に関する条約」に従って、その利用に規制が掛けられている。しかしながら、遺伝子組み換え作物を屋外で商業的に栽培する場合には、花粉・種子の区域外への移動を防ぐ設備などは存在しない。このことから、組み換え作物の花粉・種子により自然界に存在しない遺伝子型の拡散が起きる可能性が指摘されている。なお、日本国内での遺伝子組み換え作物の栽培は、2006年の時点では、安全性確認のための実験的栽培が主流であり、商業的大規模栽培はない。動物に対する『遺伝子汚染』という用語は、人間の産業活動や個人的な嗜好・趣味等による移入などで、人為的に生殖的隔離が破られていることへの懸念として用いられる一方で、一部には遺伝的純血を特に強調し、既に定着した外来種や混血個体の駆除を唱える異見に伴って用いられることもある。交雑しうる外来種の駆除を主張する考え方に対しては、人種差別思想との類似性を指摘する形で批判する意見が出ている。例えば、和歌山県でタイワンザルとニホンザルの混血個体の排除が行われた際には、ナチスドイツを連想するとした批判があった。。一方、こうした人種差別との関連付けに言及する批判に対しては、問題となっている遺伝子汚染の原因の多くが人為的なものであることを留意するべきであって、生物多様性や種などの生物学的概念に対して無理解や誤解が多いという点で批判を返す指摘もあり、意見の対立が起きている。また、そもそも「汚染」という表現がネガティブなイメージを持つ表現であり、差別的であるとする声もある。これに対しては先述のとおり、遺伝子移入という呼び方が提唱されている。

出典:wikipedia