この項では2006年のアルビレックス新潟について記述する。世代交代を図るクラブの方針から、木寺浩一、上野優作が広島に、桑原裕義が北九州に、萩村滋則が東京Vに移籍、昨シーズン途中に横浜FCに期限付き移籍していた山口素弘が完全移籍に移行し、丸山良明が退団。高橋直樹が現役を引退し、多くのベテラン選手がチームから去ることになった。また、期限付き移籍加入していたアンデルソン・リマ、菊地直哉は移籍元に復帰した。新監督に、2005年まで山形の監督を務めていた鈴木淳が就任。補強は、若手を中心に柏から永田充、矢野貴章、京都から六車拓也、仙台からシルビーニョ、中原貴之を獲得し、筑波大学から中野洋司、前橋育英高校から前年特別指定選手として帯同していた田中亜土夢が新加入した。新体制の下で迎えた2006シーズンは組織的なサッカーを目指して戦ったが、リーグ戦第1節で川崎に0-6の大量失点で敗れたのを始め第14節からの4連敗では計9失点、第21節からの3連敗では計13失点、第32節からの3連敗でも計9失点を喫するなど守備が安定せず、最終順位も12勝6分16敗（勝点42）の14位と低迷したが、GK北野貴之、MF千葉和彦、MF松下年宏ら若手も試合経験を積み、ベテランが中心だった前年までに比べて世代交代が進んだ1年となった。2003-2004と同じようにシャツがオレンジ、パンツが青色のデザイン。シャツの肩から脇にかけて白いラインが追加されトリコロールとなる。2ndは小さな襟がつく。

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