十二指腸（じゅうにしちょう、）は、胃と小腸をつなぐ消化管である。全体の形はC字状で長さは約25cm。十二指腸の名は、ターヘル・アナトミアを解体新書として和訳刊行された際に、新たに作られた医学用語のひとつである。ラテン語では本来 "duodenum digitorum"（"duodenum"「12」+"digitorum"「指」＝「12本の指の幅」）と呼ばれていた。さらにさかのぼると（アルファベット転記："dodekadaktylos"（"dodeka"「12」+"daktylos"「指」）から来ている。いずれにせよ、この名はこの部分の長さが指の幅の12倍ほどであることに由来する。。大部分が後腹膜に固定されており、可動性がない。なお、小腸の一部とする考え方もあり、その場合は空腸と回腸と違い腸間膜に包まれないので無腸間膜小腸と呼称する場合もある。胃から送られて来た食物をさらに消化し、空腸へ送る。十二指腸は膵臓とも繋がっており、膵臓のファーター乳頭（大十二指腸乳頭）からトリプシンやキモトリプシンなどの消化酵素を含む膵液が分泌されてタンパク質が分解された生成物であるポリペプチド（ペプトン）をジペプチドなどに分解する。また、脂肪は胆汁による乳化作用を受けて膵液リパーゼにより十二指腸部でグリセロール（グリセリン）および脂肪酸に分解される。なお、胆汁を出す調節はファーター乳頭の開口部にある平滑筋のオッディ括約筋が担っているが、このオッディ括約筋に作用する消化管ホルモンのコレシストキニンは十二指腸から分泌される。十二指腸から分泌されるエンテロキナーゼは、膵液中のトリプシノーゲンを活性化しトリプシンに転換する。

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