独立星系連合（どくりつせいけいれんごう、Confederacy of Independent Systems、CIS）は、SF作品『スター・ウォーズ・シリーズ』に登場する組織名。銀河共和国に対し反旗を翻してクローン大戦を引き起こす。シンボルマークは六角形。1000年の永きに渡る平和を謳歌していた銀河共和国はその文明的・文化的爛熟期を超え、こと政治においては広大な世界を司るがゆえの官僚主義が肥大化、腐敗や日和見主義が公然と横行する堕落した様相を呈していた。特に共和国の繁栄は、歴史的に辺境の未開な地区からの搾取とも言われかねない資源採取や税収を主な財源としており、共和国の支配範囲が広がれば広がるほど、やがて科学や文化を成熟させてきたこれらの地区の民族の潜在的な不満を増大させることとなっていった。このような状況の中、主に金融、通商を生業とする種族・団体の中から、大規模な勢力を持つ有力者が台頭してきた。彼らは共和国に対してあの手この手の賄賂工作を行い政治腐敗の一端を担っていた一方、その力にものを言わせて共和国の行政に従わないばかりか、公然と政治に対して反対を唱えるようになっていった。彼らはもはや共和国というものが自分たちの生活において足枷でしかなく、将来的には共和国から離脱して新しい政体を建設したいというところでは方針が一致していた。このような状況下に、惑星ラクサス・プライムから銀河中に向けて腐敗した共和国を痛烈に批判する演説を放送した人物がいる。惑星セレノ出身のドゥークー伯爵である。誉れ高い家柄の出身で元ジェダイ・マスター。しかも巨万の富を抱える銀河有数の裕福で高名な人物が共和国の腐敗を公然と口にしたことで、にわかに銀河各地の潜在的不満勢力が支持を表明し決起した。彼の呼びかけに応え行動を開始した民族・勢力は数千に上り、また支持を公に表明したものだけでも数万に上った。こうして、史上最大級の民衆的反共和国運動が始まった。この時点では彼らは共和国側からは分離主義勢力（Separationists）と呼ばれた。着々と同志を集めるドゥークー伯爵は、惑星ジオノーシスで秘密の会合を行い、政治的・経済的な理想国家を追求するという点で利益が一致した先の経済団体と協定を結んで「独立星系連合」を正式に発足させた。これによって連合は、各団体から提供された強大な軍事力を得て、共和国への武力行使が可能となった。一方、この会合に偶然遭遇したジェダイの騎士オビ＝ワン・ケノービによって分離主義勢力が軍備を整えたという情報がもたらされると、全面戦争の可能性が濃厚となった共和国では、軍隊創設運動が活発化しパルパティーン議長は非常時大権を与えられた。囚われたオビ＝ワン救出のために出動したジェダイたちを援護するために大権を発動させたパルパティーンは、秘密裏に製造されていたクローン・トルーパーで共和国軍を編制し、惑星ジオノーシスで独立星系連合のドロイド軍と戦闘を開始した。このジオノーシスの戦いを契機として銀河規模のクローン大戦が始まったのである。クローン大戦は銀河の各地で行われ多くの惑星を荒廃させたが、開戦から3年後には独立星系連合は劣勢に追い込まれ、主要メンバーは故郷の星を追われ秘密基地を転々としていた。コルサントの戦いで実質リーダーだったドゥークー伯爵がアナキン・スカイウォーカーに殺害されると、連合は求心力を失いウータパウに集結していた主要メンバー達はムスタファーに移動する。その後グリーヴァス将軍が戦死すると、パルパティーン議長として共和国、ダース・シディアスとして独立星系連合、この双方を操っていたシディアスは、騒動を利用してジェダイの抹殺と銀河帝国の建国という最大目標を達成することに成功する。これにより、シディアスと繋がっていた独立星系連合は無用の長物となり、すべてをもみ消す為にシディアスによって派遣された新たなシス卿ダース・ベイダー（アナキン・スカイウォーカー）によって主要メンバーを1人残らず皆殺しにされ、ドロイド軍も全て機能を停止させられる。成立した銀河帝国は、独立星系連合を解体し所属する企業や共同体を国営化して支配下に置いた。インターギャラクティック銀行グループのように、帝国による戦犯指定を免れた勢力も存在したが、帝国は人間以外の人種を激しく弾圧したため、エイリアンが多数派を占める彼らは必然的に厳しい監視に置かれることになる。

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