船橋本線料金所（ふなばしほんせんりょうきんじょ）は下り線では船橋ICの先、上り線では船橋ICに併設されている本線料金所である。下り線では篠崎IC・市川IC・原木ICの各ICから花輪IC・幕張IC・武石ICまでの通行料金（A区間とB区間の通行料金）（幕張IC-武石ICは本来C区間だが、武石ICに料金所がないため、同区間の通行料金は不要）を徴収し、上り線では、武石IC・幕張IC・花輪ICから原木IC・市川IC・篠崎ICまでの通行料金（B区間とA区間の通行料金）を徴収する。双方とも普通車250円（大型車380円、特大車880円）。上下線でゲート運用予告表示器が設置されていて、上り線では、予告音声が流れる。

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