秘密投票（ひみつとうひょう）とは、投票方式の一つ。対義語は公開投票。投票内容の非公開が保証される投票方法で、誰が何に投票したのか明らかにされることがない。この方法を採用した選挙を秘密選挙という。秘密投票には、選挙人に対する干渉を防ぐ目的がある。逆に投票の秘密が保証されない場合、投票先指図などの脅迫・強要、開票結果による報復、または買収・贈賄につながりかねず、正当な選挙が望めなくなる。自書式投票の秘密投票では候補者（比例選挙の場合は政党名）に他事記載をした票を無効票としている。これは他事記載が有効票扱いとなると、他事記載で投票者の峻別が判断できるため、他事記載を強要することによって秘密投票が保障されない事態を排除するためである。一方で、選挙管理自体に不正がある場合、投票が秘密であるがゆえに不正が発覚しにくい欠点もある。世界で初めてこの方法を採用したのは1858年2月7日のオーストラリアタスマニア州。そのためオーストラリア式投票という名でも知られている。日本では衆議院議員選挙法により1900年に導入され、1902年の第7回衆院選以降採用されている。1947年に施行された日本国憲法の第15条で「投票の秘密」が保証され、さらに公職選挙法46条で「無記名の投票」、同52条で「投票の秘密保持」が保証されている。同226～228条には罰則も規定されている。同68条6項の、投票用紙に対する他事記入禁止規定も投票の秘密を保持するためのものである。また議会の議長選挙では秘密投票が行われている。1991年以前のソビエト連邦をはじめとする東側諸国でも、憲法上は選挙における投票の秘密が保護されなければならないという規定が存在していた。しかし、投票において立候補者を信任する場合は受け取った投票用紙をそのまま投票箱に入れればよいが、不信任とする場合は部屋の隅にある記入台まで行って投票用紙に記入しなければならない、というような投票方式がとられたため、実際には投票の秘密は存在せず、当局の報復を恐れた有権者によって常に99%以上の信任票が投ぜられていた。現在でも朝鮮民主主義人民共和国ではこの制度が健在であり、投票所において秘密警察、治安警察、憲兵の各当局によりすべての有権者の投票過程を徹底的に監視している。反対票を投じることは事実上の反党・反体制行為とみなされ、厳しい拷問に耐えて生き残った者も以後最低二世代に渡って出身成分が低く抑えられ、最悪の場合は一族郎党全員が強制収容所に送られたケースもある。また、北朝鮮では開票においても賛成票のみを有効な投票とし、万が一反対票があったとしてもすべて無効とされている。このため選挙結果は「投票率100%（ないしはそれに極めて近い数字）、賛成率100%」と報道される。日本においても最高裁判所裁判官国民審査の投票用紙には罷免を可とする際にのみ記入することになっているため、選挙管理委員会が、同時に行われる衆議院議員総選挙の投票用紙と同時に渡すといった配慮を行わないと同様の問題が発生することになる。1996年以降は比例代表の票と同時に渡すこととされている。なお、日本国憲法下の衆議院総選挙で衆議院総選挙が無投票当選となったために衆議院総選挙の投票用紙が配られなかった上で最高裁裁判官国民審査のみが行われた例はない。労働組合役員や協同組合役員を選出する組合員による選挙は秘密投票によると法律で規定されている。

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