菜種油（なたねゆ、なたねあぶら、）とは、主にセイヨウアブラナから採取した植物油脂の一種。食用及び食品加工用に使われる。かつては灯火の燃料としても利用された。2009年の全世界における植物油の生産量は、パーム油・大豆油・菜種油・ひまわり油の順で3番目となっている。日本では菜種油が食用油の全生産量の6割を占めている。キャノーラ油 () は、菜種油のうち、品種改良によってエルカ酸（エルシン酸）とグルコシノレートを含まないキャノーラ品種から採油されたものである。カナダで開発されたためこの名が付けられた。したがって、菜種油とキャノーラ油は厳密には同じものではない。一方、日本の食用向けの国産油は主に有害なエルカ酸を含まない無エルカ酸品種から搾油されているため、菜種油の呼称が一般的である。菜種油は天ぷらに使うと独特の風味があり、日本をはじめ東アジアで古来から食用とされてきた。一方、アメリカでは食用が禁止され、認可されたのはキャノーラが流通しだした1985年である。アメリカで菜種油を禁止していたのは、従来品種から採取した菜種油には、過剰摂取により心臓障害を誘引するおそれがある融点が33.8℃と高い不飽和脂肪酸であるエルカ酸（またはエルシン酸）残基が40%程度含まれているためである。中でもエルカ酸は全脂肪酸残基の40%以上に達し、油を多用するアメリカ型食生活ではリスクが高かった。 エルカ酸を含む種類の組成は、エルカ酸25%–48%、オレイン酸13%–51%、リノール酸20%–27%、リノレン酸8%–16%、ほかパルミチン酸、ステアリン酸数%である。そこで、主要生産国であるカナダで品種改良された結果、エルカ酸を含まずグルコシノレート含量も削減された（この特性は “double low” と呼ばれる）「キャノーラ品種」が開発された。キャノーラの不飽和脂肪酸は、オレイン酸が約60%と最も多く、以下リノール酸21%–32%、α-リノレン酸9%–15%、パルミチン酸約5%、ステアリン酸約2%であり、エルカ酸は1%未満である。キャノーラ油は、ω-3脂肪酸とω-6脂肪酸の比率は 1:2で一般的な食用油として他に例を見ない理想的な比率を保ち（ω-3脂肪酸及びω-6脂肪酸を参照のこと）、残りの大半は一価不飽和脂肪酸のオレイン酸であり、飽和脂肪酸は一割未満であるので心臓病予防の観点からも優れた脂肪酸組成を有している。菜種油には、さらに伝統的な交配育種法による品質改良により、オレイン酸比率が70%を超える高オレイン酸品種も開発されている。また、搾油後の菜種ミール（油かす）には、ヒトも含む動物の甲状腺障害に関与する含硫化合物の一種であるイソチオシアネート前駆体のグルコシノレートが多く含まれている。しかし、グルコシノレートは水溶性であるため、搾油された菜種油中にはグルコシノレートは含まれない。グルコシノレート類には、約120の含硫化合物があることが知られており、特にナタネ種子には、ヒトを含む動物に対して、甲状腺腫を誘導するゴイトリンの前駆体のプロゴイトリンが多く含まれている。一方、ブロッコリー、カリフラワー、キャベツなどのアブラナ科の葉菜類の食用部分は主に葉であり、プロゴイトリン量は極めて少ないため、ヒトは食しても問題はない。ゴイトリンは、当然ヒトに対しても有害である。しかし、葉菜類が安全なのは、ゴイトリンがヒトに対して無害ということでなく、種子でなく葉中のプロゴイトリン量が極めて少ないためである。なお、低グルコシノレートはカナダ・キャノーラ会議では、30μmol/g以下と定められている。欧米では、遺伝子組換え技術を利用した品種が主力であり、カナダを中心に生産され、遺伝子組換え作物（GMO）として、大量に日本に輸出されている。なお、菜種油には遺伝子組み換え食品の表示義務は無い。菜種油やその他の植物油脂から作られるサラダ油は、ドレッシングなどの食品の原材料に使われる。白絞油は油揚げの揚げ油としてよく使われる他、天ぷらや炒め物用の油として使われる。鹿児島県の一部では原料菜種を焙煎して搾油し、植物灰で処理したものを「赤湯（あかゆ）」と称し、食用に用いている。精製していないため、独特の青臭さと焙煎臭が強いものである。かつては非精製油は行灯などの光源燃料としても使用された。日本でも食品加工廃油を揮発性の高いエステル化し燃料油とする試みがあり、使い古した菜種油をバスの燃料にするなどして利用されている。これはバイオディーゼルと呼ばれ、リサイクルとして進められてきた。一方、ヨーロッパ諸国では、小麦の転作作物としてバイオ燃料用菜種が栽培され、安定した品質のバージン油が用いられている。近年のバイオ燃料ブームのため、トウモロコシ同様に食用油相場の影響を被っている。大手製油会社は、エルシン酸を含まない、グルコシノレート含量の低いキャノーラ品種由来の菜種油の意味として「キャノーラ油」「カノーラ油」という名称を用いている。「キャノーラ」は、カナダカノーラ会議が採用した「カナダのオイル」を意味するブランドであったが、現在は北米はもちろんヨーロッパでもキャノーラ品種から搾油されたという意味でキャノーラオイルが一般的に用いられている。一方、国内地場の小規模製油会社においてはキャノーラ品種ではない国産ナタネを原料としているため、菜種油の呼称が一般的である。

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