起訴便宜主義（きそべんぎしゅぎ）とは、検察官が被疑者の性格や年齢、犯罪の軽重や情状を考慮し、訴追するか否かを判断するという原則である。刑事訴訟法248条によると、検察官が必要としないときは、公訴を提起しないことができる、つまり、起訴猶予が認められており、このことから、検察官に広い裁量権が与えられていることが分かる。このことを起訴便宜主義というが、それに対して、検察官に裁量権を認めず全ての事件について・若しくは定められた事件については公訴提起をさせるのが起訴法定主義である。日本の刑事訴訟法は、諸外国と比べ、起訴便宜主義が徹底されている。起訴便宜主義においては、検察官による公訴権の濫用が発生しうるため、公訴権の行使が権限の濫用にあたる場合には裁判所は訴訟手続を打ち切るべきという「公訴権濫用論」という主張もある。起訴便宜主義を初めて明文化したのは、1922年（大正11年）の大正刑訴法である。1880年（明治13年）の治罪法や1890年（明治23年）の明治刑訴法にも明文の記載はなく、学説上も起訴法定主義が有力であった。しかし実務上は「微罪不検挙」として起訴便宜主義的な解釈・運用がなされてきており、それを明文化したのが大正刑訴法279条の規定である。それを受け継ぐ形で、現行刑訴法は「犯罪の軽重」をいう語句を追加したうえで、起訴便宜主義を採用した。不起訴はその理由によって次の5つに分類できる。このうち、5の場合のことを起訴猶予処分という。被疑者が刑事手続から早期解放される。そのため、起訴猶予された場合、被疑者は公訴提起によって受ける可能性のあるダメージを受けずに済む。その結果、社会復帰への障害を最小限にすることができ、短期の自由刑のもつ弊害を受けずに済む。そのうえ、公訴の提起が必然的に少なくなるので、刑事司法における資源の有効活用もできる。検察官による濫用の可能性がある。起訴されるべき事件が起訴されないことや、不当な公訴提起が起こることも想定できる。あらゆる罪種の事件について、起訴するか否かの判断を検察官の裁量に任せているが故の欠点であるといえる。起訴便宜主義は起訴法定主義と比較して、刑事制度全体の目的の達成に適しているといえる。しかし、それは起訴便宜主義が濫用されることなく、適正に運用されていることが前提であり、不当な起訴が行われたり、その逆に起訴すべきものを起訴しないといった、裁量を逸脱した公訴権の行使がなされれば、この制度を採用した意味がなくなってしまう。そのため、この制度の下では検察官に適正に公訴権を行使させるための制度が必要となる。検察官が事件を不起訴相当と判断すると、その事件について裁判所において審判の機会がなくなり、重要な犯人が処罰を免れるといった危険性がある。そのため、現行法上では、といった不当な不起訴を抑制する手段が用意されている。以下、その内容について述べる。検察官は、告訴などの請求のあった事件について、公訴を提起するか否かの処分を決定した際には、速やかに告訴人や告発人などに通知する義務がある。その趣旨は、検察官による不起訴処分に対する自主的なコントロールを期待し、告訴人等に検察審査会への審査申し立ての機会や準起訴手続きの機会を与えることにある。告訴人等から請求がある場合には、その理由を通知する必要がある。しかし実務上では、この点については「起訴猶予」などと直接的な理由のみを通知すれば足りるとしている。検察審査会の目的は、公訴権の実行に関して、民意を反映させてその適性を図ることである。告訴・告発をした者や請求をした者、および被害者は検察官の不起訴処分に不服があるとき、その処分についての審査を申し立てることが可能である。そしてその決議を参考にして、検事正は起訴すべきと考える場合は起訴手続きをする必要がある。2009年5月20日まではあくまで議決は参考であり法的拘束力はなかったが、2009年5月21日以降は、2回「起訴相当」と議決した事件については裁判所が指定した指定弁護士が検察官役を担当して必ず起訴されることになった。起訴議決制度は起訴独占主義の例外である。国民の人権保障を実行化するため、警察官による職権乱用罪について検察官による不起訴処分を直接的に抑制する制度として、準起訴手続き(付審判請求)は位置づけられている。これは起訴独占主義の例外である。準起訴手続では、捜査の不十分さについての審査という本来の機能を果たすべく、事件の内容をよく知る請求人の協力を必要とする場合がある。そのために、請求人の代理人に捜査記録の閲覧や謄写が認められているか、といった点が問題となっている。判例では、準起訴手続は捜査に類似する性格を有する職権手続であるので、対立当事者の存在を前提とする対審構造を有しない、と判示している。この制度は、検察官の不起訴処分の妥当性を審議し、直接コントロールできるが、適用を受ける事件が職権乱用罪に限定され、付審判決定事件が非常に少ないため使い勝手が悪く、この制度も抑制手段としては限界がある。上述のように、検察官が不当に公訴を提起しないことについては検察審査会等が一定のチェック機能を果たすことが法律上予定されている。これに対して検察官が不当に公訴を提起することについては明文の規定が存在していない。明文で規定されている手続としては、検察官が自ら公訴を取り下げる(公訴の取消し。257条)ことが考えられるが、これができるのは第一審公判手続の判決前までであるし、公訴の取下が行われるかどうかは検察官の自制の問題である。こうして、裁判所が訴追裁量権の行使について一定の審査を行う必要性が存在することとなる。このような必要性に基づいて、一定の場合に検察官の公訴の提起それ自体を違法として、裁判所が検察官の公訴提起を棄却すべき場合があるとの見解が学説上有力に唱えられた。これが公訴権濫用論である。公訴権濫用論については次のような判例が存在する。検察官の公訴権濫用を認定して公訴棄却を判示した原審に対して検察官が上告した事件において最高裁判所は、検察官による裁量権の逸脱行為が公訴の提起を無効とする場合はあり得るが、それは公訴の提起自体が職務犯罪を構成するような極限的な場合に限られるときわめて限定的な判示をした上で（公訴棄却を判示した）原審を維持する判示を行っている。

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