古文書 （こもんじょ）とは、広く「古い文書」の意味でも使われるが、歴史学上は、特定の対象（他者）へ意思を伝達するために作成された近世以前の文書を指す。特定の相手に向けたものではない文書、例えば日記や書物などは古記録と呼んで区別される。日本史の分野で多く用いられる用語であり、日本以外をフィールドとする場合、古記録とまとめて文書史料、略して文書（もんじょ）と呼ぶことが多い。今日伝世する古文書の多くは権利関係の文書である。これは当時、権利関係の文書ばかりが発給されていたということではなく、そのような文書だけが大事に保管され、他の文書は廃棄されたためである。今日でも証書など大事な書類は引き出しや金庫に保管するが、さほど重要性を持たない文書は役割を終えると廃棄されるのと同じである。古文書には当時の原本（「正文」しょうもん）が宛所の家にそのまま伝わる場合と、下書き（「草案」そうあん/「土代」どだい）が差出人の家に控えとして伝世する場合がある。また、朝廷や幕府が同じ命令を各地に出すときや、分家するときに先祖が発給を受けた文書を分家に写しとして分与したり、訴訟で証拠書類を提出するとき、正文をもとに写しを作成する。これら写しは「案文（あんぶん）」と呼ばれている。また偶然、機能を終えた文書の裏面を利用して写本を行ったり、裏面に草案をしたためたりして廃棄されずに、別な形で伝世する場合がある。このような文書を「紙背文書」と呼ぶ。なお、日本の国宝・重要文化財に指定されている古文書については1975年（昭和50年）度からは「書跡・典籍の部」とは別に「古文書の部」として指定されている。同年、国宝及び重要文化財指定基準（昭和26年文化財保護委員会告示第2号）が改正され、「古文書の部」の指定基準が「書跡・典籍の部」の指定基準とは別個に定められている。古文書の部の既指定物件には書状（手紙）類が多く、厳密な意味での古文書･文書のほか、日記などの記録類、絵図、系図なども含まれている。また、近世社会などは紙が資源として貴重な時代であり、反古紙や保管期間を過ぎて役目を終えた古文書は古紙商を通して売却され、表装具など資源として再利用される「史料のライフサイクル」が存在しており、再利用された古文書が偶発的に現存するケースもある。古文書を研究する歴史学上の一つのカテゴリーであり、史料学の一分野とみなされる。主に古文書の様式分類を研究目的とする。大学の文学部歴史学科などで専門課程の講座や講義として設けられている場合が多い。ほとんどの日本史学専攻の学生は受講しなければならないよう義務付けられている。授業の内容は古文書の様式といった基礎知識の伝授と実際の読み下しが行われていることが多い。前近代社会にあっても、古文書の研究は存在したが、それは訴訟などで証拠として提出された文書の真偽を鑑定するためであった（こうした偽文書は謀書と呼ばれ、極刑にされる場合もあった）。また、故実家が礼法の研究として古文書を研究して書札礼を確立させたりした。もっとも、江戸時代に盛んであったのは芸術品としての古写本・古筆切などの鑑定をもって商売とする古筆家の活動であった。「古文書学」として学問分野での研究が行われるようになったのは、明治時代に入ってからである。明治期に西洋の歴史学から実証主義的な研究法をから影響を受け、久米邦武、星恆、黒板勝美などが中心になり日本における古文書学・記録資料学が発展した。古文書学においては古文書の所蔵者から資料調査が行われる。資料調査は現物の古文書（群）を観察し、料紙の状態や寸法、宛所や署判、付箋などの各要素について調べ、写真図版も作成する。内容についても文字を解読し、年代や伝来経緯を推定するが、場合によっては特徴を比較するため関係する既出の古文書や年代の前後する古文書が参考資料として用いられる。これらの作業は個人の主観が入る余地があるため、古文書学を学んだ複数の調査員により実施されることが多い。調査した古文書（群）のうち新出資料として学術的価値の大きいものは学術研究誌等で翻刻され紹介される。また、古文書学の手法は歴史研究においても用いられ、古文書の形式や書札礼、数量的統計や年次的変化などに着目し人間関係や社会的背景について考察する手法が応用される。古文書は主に白紙または灰色の宿紙（薄墨紙）を料紙として作成され、廃棄文書の反故紙が転用されることもある。料紙は一枚が縦30センチメートル、横40～50センチメートル程度の寸法が一般的で、折り目をつけずにそのまま用いる竪紙のほか、料紙を中心でふたつ折りにした折紙、一枚の料紙を細断した切紙、複数の料紙を張り付いだ継紙などの形式がある。料紙の各部は本文の記された側が「表」、表の反対側を「裏」または「紙背」と呼び、料紙の上部を「上」または「天」、下部を「下」または「地」、右端を「端」、左端を「奥」と呼ぶ。端から本文の記されるまでの余白を「袖」と呼び、外題や「袖書」と呼ばれる文章、袖判などが据えられる。また、料紙表の端部分に記されたメモ書きは「端書」、裏に記されたものは「端裏書（銘）」と呼ばれる。また、メモ書きは料紙とは別の紙片に記され貼りつけられている場合があり、これは付箋と呼ばれ、付箋全体が料紙に貼りつけられているものは押紙と呼ばれる。文書は法的な効力を有する正文のほか、草案として作成された「土台」「草」がある。また、重要文書の控や訴訟などに際した証拠文書として作成された正文の複製は案文（案）と呼ばれ、案文は正文に花押が存在することを示す「在判」と記されることで模造であることが示されるが正文と同様の法的効力をもち、対して文書の保存などを目的に作成された法的効力を有さない正文の複製は写と呼ばれる。古文書は時代や差出人と宛所の関係などで様々な種類がある。日本で正式に文書の様式が定められたのは大宝元年（701年）に制定された大宝律令の中の大宝令に於いてである。その後、養老律令で整備されたといわれている。律令期から摂関、院政期までは公式文書としてこれらの文書が使われ公式様文書と呼ばれていたが、次第に簡略化された文書が主流となる。一般的にそれら簡略化された文書は公家様文書と呼ばれている。鎌倉幕府成立以降、武士も様々な文書を発給する必要が出た。彼らは公家様文書を下敷きに様々な文書を編み出し、それらは武家様文書と呼ばれている。こうした古文書の分類は明治36年（1903年）に黒板勝美が著した論文「日本古文書様式論」（ただし、刊行は昭和15年（1940年））によって用いられ、戦後佐藤進一の『古文書学入門』（昭和46年（1971年））によって定説化された。上記に掲げた分類は、上から下へ発給する文書である。下位の者が上位のものへ出す文書は時代を超えて上申文書と分類される。今日の「です・ます」調にあたる丁寧文。詳しくは候文を参照。天皇や貴人・寺社に関する称号や言葉が文中に用いられるとき、敬意を払うため、その語の前に1字分もしくは2字分相当の空白をあけることを闕字（けつじ）という。大宝律令公式令に定めがあり、具体的には「大社」「○○陵」「乗輿」「車駕」「詔書」「勅旨」「明詔」「聖化」「天恩」「慈恩」「慈旨」「御（至尊）」「闕庭」「中宮」「朝廷」「春宮」「殿下」などの語に対して用いるべきとあったが、平安時代以降は必ずしもその範囲は厳格ではなく、近世末まで用いられた。文政元年に闕字の制が発せられたが、明治5年8月27日の令によって廃せられた。闕字よりもさらに敬意を表した書式。闕字と同様に公式令に定めがある。天皇や神仏に関わる語彙が文中に現れた場合に、たとえ行の途中であっても、あえて改行し行頭に語を置くことによって敬意を表すことを平出（へいしゅつ、びょうしゅつ）または平頭抄出という。「皇祖」「先帝」「天子」「天皇」「皇帝」「陛下」「至尊」「太上天皇」、天皇諡、三后（皇后・皇太后・太皇太后）などの語に対して用いたが、闕字と同様、時代が下るにつれてその適用範囲は曖昧となっていった。闕字・平出よりもさらに敬意を高めた表現。神仏・天皇などの語彙が文中に現れた場合、文を途中で改行するだけでなく、その語を他の行よりも上の位置から書き出すことを擡頭（たいとう）と呼ぶ。1字分上に書くことを一字擡頭、2字分上に書くことを二字擡頭といい、上に書くほどより敬意を表した（最大で五字擡頭まで）。史料集などにおける古文書の活字化のことを翻刻と言う。古文書の翻刻は可能な限り原本の再現を忠実に行われるが、印刷上の都合で原本通りの文字の使用や字配りを再現することが難しく、正字・常用漢字の選択や略字や異体字の表記など翻刻の方針については凡例で明記される。特に年月日や差出人・宛名の位置関係は書札礼の観点から重要な要素であり、また文書の寸法や署判の形態、紙質などの情報も注記される。古文書は博物館や公文書館において収蔵されていることが多く、常設展示や企画展を通じて広く一般に公開されている。博物館施設においては古文書を展示ケースの中に設置し、釈文や読み下し、現代語訳、展示パネルによる解説などを補助情報として添え利用者の理解に便宜を図っている。

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