西海区水産研究所（せいかいくすいさんけんきゅうじょ）は、水産研究・教育機構の研究所の一つ。主に東シナ海の魚類・水産資源と海洋環境に関わる調査・研究を担っている。東シナ海は、マアジなどの魚類資源が豊富であり、その調査研究をもとに資源評価や資源管理に関する研究が遂行されている。また、中国などから流入する栄養塩類などの動態の研究が行われている。漁業調査船陽光丸（長崎港）を擁する。略称は西海水研。以下の6部構成となっている。

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