列車特定区間（れっしゃとくていくかん）は、JR線の運賃・料金計算制度の特例とされるものの一つ。JR各社の「旅客営業取扱基準規程」は、列車特定区間について次のように規定している。経路特定区間に類似した制度であるが、この規定は利用する列車を特定し、途中下車しない条件で、短い距離の経路で運賃と料金を計算する制度である。1947年（昭和22年）に上野駅 - 金沢駅間に上越線経由の列車が設定された際に、当時の信越本線（高崎駅 - 長野駅 - 直江津駅間）経由の運賃の適用を認めたことが、最初の制定とされる。輸送力が不足していた時代（戦後復興期）に、最短ルート以外の列車に乗客を誘導する（最短ルートの列車を利用できない乗客を救済する）ことを主な目的としていた。代表的なものとしては、福島駅 - 青森駅間（奥羽本線経由でも東北本線経由で計算）、大宮駅 - 秋田駅間（上越線・羽越本線経由でも奥羽本線経由で計算：山形新幹線着工に伴い、大宮 - 青森に延長）などがあり、小倉 - 西鹿児島（現・鹿児島中央）のように料金のみ列車特定適用の区間もあった。しかし、ミニ新幹線を含む新幹線の開業などにより、該当していた在来線長距離列車の運転区間が大幅に削減され、その結果、制度の対象は大きく減少した。中には天北線と宗谷本線のように、片方のルートが廃止でなくなったものや、大宮 - 青森間のように片方のルートの一部が第三セクター鉄道化でなくなったものもある。2007年時点で存続するものは以下の通り。この3例の中でかつての「輸送力救済形」の姿を残すのは、「尼崎駅 - 和田山駅」間のみである。しかし、列車の運行目的自体が登場当時と変わったこともあり、「輸送力救済」としての意義はほぼ失われ、JR側の都合で複数の経路で列車を運行するにあたって旅客の便宜を図るものへと性格を変えている。残る2例は首都圏で山手貨物線を経由した特急を設定した際に、大都市近郊区間や電車大環状線では規定されていない料金部分（特急料金やグリーン料金など）を補完し、同様の経路（距離）で算出できるようにするために制定されたものである。かつては市販の時刻表では、本文中で適用される個別の列車の箇所にこの制度についての注記が記載されていたが、数が減ったこともあり現在は営業制度のページ（いわゆる「ピンクページ」）にまとめて記載されている。複数の経路を通る特急列車があっても、距離の長い方が所要時間が短く救済列車とみなされない場合には設定されない。「サンライズ出雲」と「出雲」（2006年廃止）のケースがその典型である。また、日暮里 - 岩沼間で2001年に経路特定区間が廃止された際、廃止代償といえるスーパーひたちでの上野 - 岩沼以北間の通し乗車時の列車特定が設定されなかった事例もある。その他、博多 - 大分・別府間で複数の経路を通るJR特急列車があるが、これらも列車特定区間非適用である。なお、2015年3月14日に上野東京ライン開業により、品川駅 - 赤羽駅間は従来の山手線・赤羽線経由（計算上。湘南新宿ライン）の列車に加え、東海道本線・東北本線経由の列車も登場したが、品川駅 - 赤羽駅間（相互発着、またはいずれかが品川駅以南か赤羽駅以北に跨る場合）については本特例は制定されず、料金の経路について迂回乗車を認める別の特例が制定された（旅客営業規則第172条第8項及び175条第4項）。

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