主任審査官（しゅにんしんさかん。Supervising Immigration Inspector）は、日本における国家公務員の役職名の一つ。出入国管理及び難民認定法（入管法）第12条第11号に規定されており、法務大臣が上級の入国審査官から指定する。主な職務としては、仮上陸の許可（第13条）、収容令書の発付（第39条第2項）、退去強制令書の発付（第47条第5項、第48条第9項、第49条第6項、第51条）、自費出国の許可（第52条第4項）、仮放免の許可（第54条第2項）、出国命令（第55条の3）などを担当する。法務省訓令（大臣訓令）に基づき、次の役職にある入国審査官が指定される。同じく入国審査官の中から選ばれる特別審理官及び難民調査官が一定の職務の級以上の者の中から選抜して指定されるのに対し、主任審査官は次に掲げる者全員が必ず指定を受けることとなっている。（2009年1月9日現在）また、入国審査官ではないが、入国者収容所長（官職は法務事務官）も、入管法上、主任審査官と同様の権限の一部を有するものとされている。

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