医学研究科（いがくけんきゅうか、英称："The Graduate School of Medicine"）は、日本の大学院研究科のうち、医学に関する高度な教育・研究を行う機構の1つである。具体的な研究分野については医学部も参照。主に、医学部の上位に連続した形で設置され、博士前期課程（修士課程）および博士後期課程（博士課程）あるいはそれに相当する課程で構成される。学位は、修士課程は修士（医学）を、博士課程は博士（医学）を修めることができる。

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