信濃川発電所（しなのがわはつでんしょ）は、新潟県の信濃川流域に位置する東日本旅客鉄道（JR東日本）が所有する水力発電所である。管理業務は同社エネルギー管理センターの管轄下にある。千手（せんじゅ）・小千谷（おぢや）・新小千谷（しんおぢや）の3つの発電所の総称である。合計最大出力は44万9,000キロワットで、JR東日本で消費する電力量の4分の1に当たるが、JR東日本信濃川発電所の不正取水問題の発覚により、2009年2月13日から2010年6月9日まで発電が停止された。信濃川発電所の取水により信濃川では水流が少なくなった。特に宮中ダム取水口から最終的に放水の行われる小千谷発電所及び小千谷第二発電所まではトンネルで送水されるため、60km以上にわたり本流は枯れ川状態となり、魚の遡上が減少し周囲では地下水も減少した。1985年に国鉄に対して十日町市が取水権の拡大を認めたことにより流量の減少は決定的となり、川沿いの漁師は廃業を強いられた。国や新潟県・長野県は「信濃川水系河川環境管理基本計画」を1995年に立てて毎秒33トンという流量目標を定め、1997年の河川法改正ではダムなどの事業者に対して河川流量など環境の維持を求めるようになったが、毎秒7トンほどしか宮中ダムから放水しないJR東日本の姿勢は変わらず、さらに1997年からは信濃川発電所の電力の社外への売電事業を始めた。市は国土交通省に対して情報公開を請求し、2008年、JR東日本が信濃川から大量の水を不正に取水していたことが発覚した。JR東日本は国土交通省の許可により信濃川から発電用の取水を認められていたが、許可された量よりも過大に取水しても、またダム直下への放水が過少になってもデータ上は問題ないようにリミッターを設定していた。当初、JR東日本は｢取水は適正｣との説明をし、下流住民からの信濃川本流への増水放水要請に対しても水利権を楯に拒否していたが、取水量を測る装置のプログラムを故意に改竄して許可水量を超えないように記録するなど、隠蔽工作が判明した。明らかになっているだけでも1998年から2007年まで不正が確認された。信濃川を管理する国土交通省北陸地方整備局は、2009年2月13日に「極めて悪質かつ重大な河川法違反が行われていた」として同発電所の水利権を取り消すと発表。2009年3月10日に取り消し処分が言い渡され、発電を停止した。これによる電力不足のため首都圏の電車運行に支障が出ることが懸念されているが、JR東日本はJR東日本川崎火力発電所のフル稼働と東京電力からの電力購入により不足分を補うとした。当面の懸念は電力の需給が逼迫する2009年夏だったが、不景気・天候不順等による電力需要の低迷もあり、東京電力の供給余力が十分残り、間引き運転をしなくてはならないなどの電車運行に支障が出ることはなかった。JR東日本は水利権再申請と発電所の再開に向け、市や漁協に対して河川の流量を維持する維持流量案を提案しているが、漁協はなお取水量の提示がないことから反発している。また市は「信濃川のあるべき姿市民懇談会」を開いてJR東日本への問題点指摘や再開にあたっての要求をまとめようとしているが、市民にはこれまでのJRの姿勢に対する不信は根強く残っている。翌2010年になり、国土交通省北陸地方整備局は6月9日、前年3月に取り消したJRの水利権を再許可した。これを受けて10日、1年3カ月ぶりに本格的な発電が再開されることとなった。新潟日報が2010年6月9日に報じた内容によれば、許可の内容は、期間が5年間で、最大取水量は取り消し前と同じ毎秒317トンとすることなど。十日町市の宮中ダムから下流へ最低限流す量（維持流量）を毎秒40～120トンとして、環境への影響を検証する。維持流量は従来の同7トンより大幅に増える。同記事によれば、清野智社長は記者会見で発電停止による影響額が約100億円に上ると明らかにした。そして翌7月に入ると日本列島は全国的に記録的な暑さを記録し、JR東日本管内においても各地で記録更新的な気温となった。このため発電再開が行われていない場合は運行に影響が出ていた可能性がある。なお、発電再開後の信濃川発電所の宮中取水ダム放流量は、JR東日本のウェブサイト にて確認することができる。2011年3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）によって東京電力の発電所が相次いで被災・停止したため、関東地方で電力不足が起こり計画停電が実施され鉄道各社でも運行本数の減便・運休が相次いだ。十日町市の提案と国土交通省の指示により、3月14日より試験放流を暫定的に中断し河川維持流量を毎秒7トンに低減させ信濃川発電所の取水量を増して発電量を増やし、JR東日本川崎火力発電所もフル稼働させて東京電力へ電力の融通を行った。また、JR東日本も節電のため駅構内での照明の減灯や運行本数の削減・運休を行っている。2010年より中魚沼漁業協同組合の協力のもと、信濃川の河川環境と利用の調和を図る取組みの一環として、特定非営利活動法人「新潟水辺の会」との共催により、宮中取水ダム下流河川敷でサケの稚魚の放流を実施している。

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