ボスニア・ヘルツェゴビナ連邦の国旗は、白地の左側に赤、右側に緑、中心部に国章を配置した国旗。左側の赤と国章右上の赤白のチェック（シャホヴニツァ）がクロアチア人、右側の緑と国章左上のユリの花（フルール・ド・リス）がボシュニャク人のシンボルである。国内でセルビア人が少数派のため、この国旗・国章の意匠にはセルビア人のシンボルが存在しない。逆にセルビア人が多数を占めるスルプスカ共和国の国旗・国章には、セルビア人以外のシンボルは存在しない。1996年に制定され、2007年まで用いられている。

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