ニパウイルス感染症（-かんせんしょう）とはニパウイルスに感染することにより起こる感染症。日本では感染症法における四類感染症、家畜伝染病予防法における届出伝染病であり、対象動物は馬、豚、猪。1997年から1999年にかけてマレーシアで3回の原因不明の脳炎の流行が確認された。症状は日本脳炎感染と類似しており当初は日本脳炎の流行と判断されていたが、蚊による媒介と判断できない点がある（ブタに直接接触した人のみが感染している）、日本脳炎ワクチン接種者にも感染者が出ているなど、日本脳炎と明らかに異なる点があることから詳しい調査が行なわれ、新種のウイルスによる感染症であることが確認された。当初このウイルスはヘンドラウイルスとの相同性が高いことから暫定的に「ヘンドラ様ウイルス」と呼ばれていたが、ウイルスが分離されたバル・スンガイ・ニパ村の名を取って、1999年4月にニパウイルスの名が付けられた。ブタを媒介として人に感染するため、養豚農家の発生が多く見られる。自然宿主はヘンドラウイルス同様コウモリであると推測されており、コウモリからブタを介してヒトに飛沫感染するものと思われる。ヒトでの症状は脳炎を主徴とし、死亡率は高く発病者の致死率は50％に達する。ブタでは咳、呼吸器症状を示す。Vero細胞を用いてのウイルス分離、RT-PCR、免疫組織化学染色、ELISA、ウイルス中和試験。特異的な治療法はなく、対症療法が主となる。有効な予防法は確立されていない。発生現場の剖検の際は防護衣着用。

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