第41普通科連隊（だいよんじゅういちふつうかれんたい、JGSDF 41st Infantry Regiment）は、大分県別府市の別府駐屯地に駐屯する、陸上自衛隊第4師団隷下の普通科連隊である。主に訓練は十文字原演習場や日出生台演習場などで実施する。対馬警備隊が創隊されるまでは、本連隊から対馬防衛のために1個普通科中隊を派遣していた。

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