健軍神社（けんぐんじんじゃ）は、熊本県熊本市東区にある神社である。阿蘇神社（阿蘇市）、甲佐神社（こうさじんじゃ、甲佐町）、郡浦神社（こうのうらじんじゃ、宇城市）と共に阿蘇四社とも称せられる。健磐龍命、天御中主神、仲津彦神、仲津姫神、神渟名川耳命（綏靖天皇）、阿蘇津姫命、草部吉見神、速甕玉命、彦御子命、比咩御子命、新彦命、若比咩命、若比古命、新比売命、弥比咩命等を祀るが（天御中主神、仲津彦神、仲津姫神の3柱以外は全て阿蘇神社祭神）、もともとは境内にある国造社の神、火（肥）国造 の祖である健緒組（たけおくみ。健緒純にも作る）と見る説もある｡健緒組は『肥前国風土記』や『肥後国風土記』逸文によれば景行天皇の時代に肥（火）君（ひのきみ）の姓を賜ったといい、『国造本紀』によれば崇神天皇朝に火国造に定められたという。熊本市内で最古の神社と言われている。社伝によれば欽明天皇19年（558年）に阿蘇神社の大宮司が同神社を勧請して創祀し、異賊征伐の為に社号を「健軍」と称したといい、後に阿蘇四社の一として阿蘇神社の別宮とされた。初め「健軍宮（たけみやぐう）」や健軍村竹宮（たけみや）と呼ばれ、または十二社大明神とも称せられて、健軍荘（たけみやしょう）（現在の日赤病院周辺や小峰や新外、江津湖周辺の広い地域）の産土神社であった。明治6年（1873年）に郷社に列し、昭和以降「たけみや」が「けんぐん」と音読されるようになり、地域名も託麻郡健軍村から熊本市健軍町となった。地域の基礎とも言える神社である。（括弧内は種別と指定年月日）いずれも熊本市電の停留場。

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