酢酸菌（さくさんきん）は、エタノールを酸化発酵して酢酸を生産するグラム陰性の好気性細菌の総称である。酸を産生するため耐酸性を有する。pH 5.0 以下でも問題なく増殖するが、好適な範囲は5.4から6.3である。酢酸菌の代表例として食酢を醸造する際に用いられる "Acetobacter aceti" が存在する。酢酸菌はアセトバクター属 "Acetobacter" と グルコノバクター属 "Gluconobacter" に大別される。アセトバクター属がフランス人細菌学者のルイ・パスツールにより1864年発見された。アセトバクター属 "Acetobacter" は、エタノールを細胞膜にある解糖系（EMP経路）とクエン酸回路によって酢酸に変化させる。一方、グルコノバクター属 "Gluconobacter"　は、ソルビトール（D-グルコース）を L-ソルボースに変化させる。常在菌として広く自然界に存在し、天然には糖や植物性の炭水化物が酵母により醗酵してエタノールが生成しているような場所に存在する。花の蜜や傷ついた果実などからも単離される。また、低温殺菌・濾過滅菌していない、作りたてのリンゴのシードルやビールにもよくみられる。酢酸菌は好気性を持つため、そのような液体においては表面に膜を作る形で成長する。ワインなどのアルコール飲料に酢酸菌が作用すると酢ができる。アセトバクター属など一部の属は、クエン酸回路酵素によって酢酸を二酸化炭素にまで酸化できる。グルコノバクター属などはクエン酸回路酵素を完全な形では持っていないため、酢酸をさらに酸化することはできない。"Acetobacter xylinum" はグルコースなどの糖類を発酵してセルロース繊維を合成する。1990年代初め頃にブームとなったデザート、ナタ・デ・ココもこの作用の産物である。"Acetobacter xylinum" の産生するセルロースは、植物性由来のセルロースと比較して以下と非常に細く、それらが緻密に絡み合うことで非常にヤング率の高いシートがつくられ、工業利用法が検討されている。酢酸菌をはじめとした植物以外の生物が産生するセルロースはバクテリアセルロースまたはマイクロバイアルセルロースと呼ばれている。フィリピンの食品であるナタ、ナタデココは上記の酢酸菌の産出したセルロースゲルであるが、これを生成する酢酸菌のことをナタ菌と呼ぶことがある。

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