世界で最も古い大学の一つで、三国時代の吳永安元年(258年)に開設された呉の「太学」から始まり、幾つかの変転を経て、1902年に三江師範学堂となったとされる。しかし、三国呉の太学から明朝の南京国子監までの連続性は証明できるものではなく、また清朝では江寧府学に格下げとなり、太平天国の乱を以て断絶している。三江師範学堂は1906年に兩江師範学堂と改名した。その後、 1915年南京高等師範学校が開学、1921年に国立東南大学となる。1928年以後国立中央大学を経て、1949年8月に現在の名称になる。1952年7月に私立金陵大学を統合し現在に至る。南京市中心の金陵園鼓楼校区と新しい仙林校区がある。近代的な新しい学制を採用した1902年以降の南京大学歴代総長

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