東京大学医科学研究所（とうきょうだいがくいかがくけんきゅうじょ、）は、東京大学の附置研究所であり、医科学の研究を行っている。略称は「医科研」、英語略称は「」となっている。「東大医科研」または「白金医科研」とも呼ばれる。場合にもよるが、旧名称である伝染病研究所から「伝研」という古い略称で呼ばれることもある。研究所敷地内には附属病院がある。近代医科学記念館も設置されており、医科学に関する歴史的資料を保存・展示し、最新情報の提供も行っている。1892年、ドイツ留学から帰国した北里柴三郎には、当時、日本では受け入れる機関がなく、国家有為の才能を発揮できない状態にあった。これを聞いた福沢諭吉が私財を投じて設立した研究所が、「大日本私立衛生会附属伝染病研究所」である。福澤の他に森村市左衛門、長與專齋もこれを助けた。後に内務省から文部省に移管されるに及んで北里は同所を去り、新たに「北里研究所」を設立して研究を続けた。以下の拠点が2003年度に文部科学省の21世紀COEプログラムに採択された。ヒトゲノム解析センターを中核とした以下の拠点が2008年度にグローバルCOEプログラムに採択された。医科学研究所は東京大学の大学院教育も担当している。以下の研究科・専攻から大学院生を受け入れている。

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