クローン選択説（-せんたくせつ、英:clonal selection theory）とは、1957年にBurnetが提唱した抗体の産生機構についての説。鋳型説に変わって登場した。あらゆる抗原に対して特異的に反応する抗体が先天的にB細胞クローンとして存在し、抗原が体内に侵入すると特異的に反応するB細胞は急激に増殖し、抗体を産生する形質細胞へ成熟する、という考え方。現在、この考えは基本的に正しいと考えられている。

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