特殊作戦（とくしゅさくせん、）は、特別に選抜されて高度な訓練を受けた人員で組織された小規模な部隊（特殊部隊の小グループ）による軍事作戦である。一般的に特殊作戦は、敵の勢力下にある地域や公然とした軍事行動が政治的に問題となる地域において行われる。したがって、特殊作戦は不正規な軍事行動に属する高い危険性を伴った作戦であると言える。そのような危険を冒しながらも特殊作戦は長距離偵察、対ゲリラ作戦、対テロ作戦、心理戦、革命・反乱支援、宣撫工作、民生活動（医療・衛生・食糧・教育）、治安維持、諜報活動、後方攪乱、敵手脱出支援、要人暗殺などの目標を達成するために実行される。こういった特殊作戦を主任務とする部隊が特殊部隊と呼ばれ、これは、正規部隊から綿密に選抜し、特殊な訓練を施した後に、通常戦力とは別個の部隊編制として運用される。このような様式の軍事行動は通常の軍事行動と比較すると正規戦争に対して不正規戦争の作戦として理解することができる。つまり、正規戦争のように戦車、戦闘機、軍艦、ミサイルなどの兵器を用いて、戦場で勝敗をめぐって争うのではない。特殊作戦ではテロリストやゲリラが主力となるゲリラ戦や心理戦の戦術や技術を駆使した、いわば相手の搦め手を攻める戦闘である。特殊作戦は戦時の作戦と平時の作戦に大別することができる。戦時の特殊作戦は主に従来の作戦に伴う情報収集、破壊工作、後方攪乱、捕虜奪還を行い、1970年に北ベトナムでアメリカ軍が実施した捕虜奪還作戦などがその例である。平時の特殊作戦は、主に対テロ作戦、反乱支援、治安維持などを行う。1976年にイスラエル軍によるパレスチナ人の航空機ハイジャック事件での対テロ作戦が事例として挙げられる。

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