第2回日本フットボールリーグは、2000年4月16日から同11月12日にかけて行われた。横浜FCが2年連続2度目の優勝を果たした。ジャパンフットボールリーグを含めて、JFL移行後、同一クラブの連覇は初だった。第2回JFLの参加クラブは以下の通り。このうちアローズ北陸、栃木SCが前シーズンの全国地域リーグ決勝大会からの昇格クラブであった。また、全国社会人サッカー連盟推薦でFC KYOKENが、全日本大学サッカー連盟推薦で静岡産業大学が新たに参加となった。横浜FCは前年度JFL準会員だったが優勝によりこの年から正会員としての参加になる。なお、FC KYOKENは前シーズンの全国地域リーグ決勝大会の予選リーグで敗退するも推薦という形での参加となったため、このシーズンは「準会員」とでの参加となった。前期終了時の上位3チームに第80回天皇杯の出場権が与えられた（昨年度と違い、大学チームである国士舘大学と静岡産業大学を含む）。各ステージごとの上位チームに以下の強化費が支払われた。備考Jリーグ臨時理事会で1位の横浜FCのJリーグ加盟が全会一致で正式に承認された。全国地域リーグ決勝大会の結果、1位の佐川急便SC（佐川急便東京サッカー部）と2位のYKKサッカー部が自動昇格を果たした。また3位のNTT西日本熊本FCと4位のSC鳥取、予選リーグ敗退ながら昇格の申請を行っていた愛媛FCが全国社会人サッカー連盟推薦でのJFL昇格が決定した。

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