第1回日本フットボールリーグは、1999年4月18日から同11月7日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。横浜FCが初優勝した。当初は1998年度の第7回ジャパンフットボールリーグ（旧JFL）に参加したチームのうち日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟しなかった7チームと、全国社会人サッカー連盟推薦で参加する横河電機サッカー部をあわせた8チームによるリーグ戦の予定だった。しかし、1998年限りで横浜マリノスに吸収合併された横浜フリューゲルスのサポーターが中心となって創設された横浜FCがJFLへ「準会員」資格で参加が認められたため、9チームによるリーグ戦となった。なおこの年はJリーグ・JFLの再編に伴う処置として、前年の地域リーグ決勝大会における成績上位クラブの参入は行われなかった。第1ステージ終了時の上位3チームに第79回天皇杯の出場権が与えられる（ただし準会員の横浜FCと大学チームである国士舘大学を除く）。各ステージごとの上位チームに以下の強化費が支払われる。備考1999年11月16日に開催された日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）の理事会において3位の水戸ホーリーホックのJリーグ加盟が全会一致で正式に承認された。全国地域リーグ決勝大会で優勝したアローズ北陸と準優勝した栃木SC、全国社会人サッカー連盟の推薦により教育研究社、全日本大学サッカー連盟の推薦により静岡産業大学がそれぞれJFLへ昇格した。横浜FCはこの年「準会員」としてJFLに参加していた。次年度については「4位以上で正会員、5位以下なら全国地域リーグ決勝大会に参加し、そこから改めてJFL昇格を目指す」ことになっていたが、優勝したため正式にJFLに参加することとなった。JFL選抜チームを編成し、8月から9月までバングラデシュで開催されたに出場した。この結果、JFL選抜がの初優勝を果たした。

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