サブフライトシステムとは、アニメ作品の「ガンダムシリーズ」に登場するMS（モビルスーツ）を搭載して飛行する航空機の総称。略称“SFS”。作品系列では『機動戦士Ζガンダム』（1985年）から本格的に導入された。サブフライトシステムは、MSを搭載して基地や拠点施設から戦闘地域まで輸送し、時にそのまま空戦を行うための、いわば騎兵の騎馬の空中版のような役割をする航空機である。。形状は主に全翼機型で、上面にMSの足が固定できるようにフットレストや溝が作られている場合が多い。当然ながら、MSの重量に耐えられる機体構造と余剰揚力、さらには機体上でのMSの動作に対する飛行安定性が必須となる。例えば地上において、MS単体では搭載する推進剤、歩行能力等の限界から行動範囲、移動速度が限定されてしまうが、サブフライトシステムを使用する事によって推進剤の消耗等を減らす事ができ、迅速に戦闘区域にMSという戦力を送り届ける事ができる。宇宙空間においても、MSが母艦から戦闘空域に辿りつくまでの、MS本体の消耗を減らす役割を担っている。さらに、MSを搭載した状態は輸送機のような「格納」ではなく、あくまでサブフライトシステムの上に立膝もしくは両膝を付いて載っているだけのため、MSの搭載火器を利用して空戦を行う事も可能である。熟練したパイロットの中には、MSをサブフライトシステムより離脱（ジャンプ）させ、攻撃してからまたサブフライトシステムに戻る（乗り直す）などの超高等戦術を行う者もいる。これは極めて極端な例ではあるが、サブフライトシステムとはMSとともに使用して初めて効果的に運用しうるものである。また、TMS（可変モビルスーツ）が人型以外の形態を取る時（主に航空機型である場合が多い）、他のMSを搭載して、または掴まらせて移動を助けることも可能であり、サブフライトシステム的な運用がなされていると見ることもできる。サブフライトシステムとしての最初の機体は、一年戦争（『機動戦士ガンダム』）に登場する「要塞爆撃機ドダイYS」だとされている。ザクやグフなど、飛行能力を持たない、地上での移動に制限を受けるモビルスーツを搭載して輸送するのに使われた。また『機動戦士ガンダム』本編の第23話ではグフを搭載して対地攻撃を行っており、以後のガンダムシリーズではサブフライトシステムは輸送よりも正面戦闘に多用されている。テレビシリーズではドダイ登場以前の第15話で小型偵察機であるルッグンが主翼に自分より巨大なザクをぶら下げて離れ小島まで飛行するシーンがある。また、同じくテレビシリーズのみに登場したGファイターはガンダムを支援する専用の大型戦闘機であるが、機体上部にガンダムを乗せて飛行したこともあり、地球連邦軍における、サブフライトシステムの先駆けと見ることもできる。ただしこのシーンは、Gファイターのサイズが設定より大きく描かれている（本当はガンダムとそう変わらない幅）。これら一年戦争当時の機体は、いずれも有人操縦だった。その後、プラモデル用企画『MS-X』にてスキウレ、スクートなどの移動砲台や、Gアーマーを発展させたガンキャリーなど、後のサブフライトシステムの範疇に収まる何種類かのオプション兵装が用意された。グリプス戦役（『機動戦士Ζガンダム』）においてサブフライトシステムはほぼ一般化し、大気圏内用のドダイ改、ベースジャバー、フライングアーマー、宇宙用のゲター、シャクルズ（サブフライトシステムというよりは増速用ブースターという見方もある）が登場し、モビルスーツを用いた戦術の一端を担う存在として成熟している。また、この頃にはモビルスーツ側からの操縦が可能となり、以降はほぼ無人で運用されているが、有人での操縦も可能なようにコクピットが設置されている機体やMS代わりに大型コンテナを搭載した有人輸送機型も存在している。TMSのMA（モビルアーマー）状態でサブフライトシステムとして運用される、ガザE、リゼル等のモビルスーツも存在する。また、グリプス戦役及び第一次ネオ・ジオン抗争（『機動戦士ガンダムΖΖ』）時には、エゥーゴ所属のTMS・Ζガンダムがウェイブライダー形態でMSを搭載し大気圏突入を敢行した事例が2件確認できる（グリプス戦役では百式、第一次ネオ・ジオン抗争ではキュベレイMk-IIをそれぞれ搭載した）。第二次ネオ・ジオン抗争（『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』）の頃になると、ベースジャバーやシャクルズのようなサブフライトシステムに対する総称として、下駄（ゲタ）という愛称がパイロットの間に広まっているという描写が登場する。語源は日本の履物である下駄であるらしいが、そのことを知らずにそう呼んでいるパイロットが大半であるとされる。劇中ではベースジャバーをミサイルのように質量兵器として敵にぶつける戦法が披露された。小説『機動戦士ガンダムUC』には「エルキャック(LCAC)」と呼ばれるエア・クッション型揚陸艇が水上・陸上両用型のサブフライトシステムとして登場している。ザンスカール戦争で登場したアインラッド・ツインラッドは、攻防ともに非常に強力で、地形を問わずに運用できるという優秀な兵器であった。戦闘中に敵に奪われることがあったため、背中から伸びたアームの先にアインラッドを取りつけ、非使用時には折り畳んで持ち運べるようにしたMSも開発されている。この時代にはビームローターやミノフスキーフライト等によりMS単独での飛行能力も既に実用レベルにまで達しているが、リガ・ミリティア側では従来型のサブフライトシステムの延長上の機体であるセッターが運用されている。『逆襲のシャア』より続く異なる未来である宇宙世紀0200年代を舞台とした作品『ガイア・ギア』においては、人型機動兵器は単独で大気圏内を飛行する機能を有する事が当然となっており（ウェイブライダー形態などへの変形も必要ない）、サブフライトシステムは廃れている。それによって運用方法が大きく変わり、モビルスーツはマン・マシーンへと呼び名が変わっていった。一方『Vガンダム』から続く宇宙世紀0220年代を舞台とした作品『G-SAVIOUR』では、ゲームソフト版において大気圏内の描写が描かれ、ゲームシステム上では地上戦のみが行われているが、設定では一部の機体が腰部分に専用のユニットを装着することで長時間の飛行が行える様になっている他に、イベント中に空中を飛行する艦船から直接MSが問題なく飛び立って発進したり、撤退の際にMSがそのまま飛び去っていく描写などがあり、MS単体における飛行能力も向上していることが窺える、そのためか従来のサブフライトシステムも同様に存在していない。宇宙世紀の延長線上にあるリギルド・センチュリーを舞台とした作品『ガンダム Gのレコンギスタ』では、依然MSが高い飛行能力を持つ一方で、戦場への輸送や連携攻撃にサブフライトシステムが多用されている。各陣営のいずれもが有人機で武装も施され、輸送機も兼ねているために比較的広いキャビンを持つ機体もある。なお、サブフライトシステム1機にMS2機が搭乗することも可能である。『機動武闘伝Gガンダム』ではその性質上使用頻度こそ多くないものの、モビルファイター輸送用のカプセルであるブッドキャリアーがサブフライトシステムとしての機能も持つ。また、サーフボードのように搭乗し、サブフライトシステムとして使用可能なシールドを持つガンダムマックスター、台座のような形態に変形することで大気圏突破すら可能とさせる強力なサブフライトシステムとなる風雲再起が存在する。『機動戦士ガンダムSEED』では、ザフト軍の大気圏内用無人サブフライトシステムとしてグゥルが開発されており、単独での飛行が不可能なMSが機体上部に搭乗する事で戦闘を行っている。可変MSのレイダーはMA形態に変形する事でMSを機体上部に搭乗させながら飛行する事が可能である。ジャスティスは、背面に装備するファトゥム-00をサブフライトシステムとして使用する事が可能である。『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』では、ほとんどの機体が単独で飛行能力を得た関係で、新規のサブフライトシステムは登場していない。ただしザクウォーリアなど飛行能力を持たない機体も新たに開発されており、グゥルの使用も引き続き行われている。『機動戦士ガンダムAGE』においては、第三部にあたるキオ編にて地球連邦軍側の兵器として、サブフライトシステムであるウェイボードが登場する。ウェイボードは立方体状の胴体の四方に配置された高出力スラスターにより、上部にMS1機を搭載しての垂直離着陸や巡航飛行、および戦闘機動を可能としている。第三部の時点においては可変MSであるクランシェが地球連邦軍の主力量産機になっており、ウェイボードはそれ以前に運用されていたジェノアスOカスタムやアデルマークIIなどといった非可変MSを支援するために運用されている。基本的に機体制御は搭乗MSのコクピットから行われるが、単体での自動飛行も可能であり、劇中では戦闘の他に解除不能の爆弾を上空で爆破処理する際にも使用された。

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